液相色譜柱的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱(固定相)內, 由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數, 在兩相中作相對運動時, 經過反復多次的吸附解吸的分配過程, 各組分在移動速度上產生較大的差別, 被分離成單個組分依次從柱內流出, 通過檢測器時, 樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來。

    (1)液相色譜柱使用前注意事項：
    液相色譜柱的儲存液無特殊說明，均為評價報告所示的流動相。在使用前，一定要注意液相色譜柱的儲存液與要分析樣品的流動相是否互溶。在反相色譜中，如用高濃度的鹽或緩沖液作洗脫劑，應先用10%左右的低濃度的有機相洗脫劑過渡一下，否則緩沖液中的鹽在高濃度的有機相中很容易析出，堵塞液相色譜柱。
    (2)流動相：
    流動相中所使用的各種有機溶劑要盡可能使用色譜純，配流動相的水更好是超純水或全玻璃器皿的雙蒸水。如果將所配得流動相再經過0.45μm 的濾膜過濾一次則更好，尤其是含鹽的流動相。另外，裝流動相的容器和色譜系統中的在線過濾器等裝置應該定期清洗或更換。
以常規硅膠為基質的鍵合相填料通常的pH值適用范圍是2.0-8.0。當必須要在pH值適用范圍的邊界條件下使用液相色譜柱時，每次使用結束后立即用適合于液相色譜柱儲存并與所使用的流動相互溶的溶劑清洗，并*置換掉原來所使用的流動相。
    (3)樣品：
    樣品也要盡可能清潔，可選用樣品過濾器或樣品預處理柱（spe）對樣品進行預處理；若樣品不便處理，要使用保護柱。在用正相色譜法分析樣品時，所有的溶劑和樣品應嚴格脫水。
    液相色譜柱由檢測器、高壓液體泵及液相色譜柱等三部分組成，其中液相色譜柱的正確安裝和使用，是液相色譜工作的關鍵;同時也是液相色譜工作者獲得正確且可靠的實驗數據的必經之路。