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早期的基因組DNA甲基化分析技術，如SssI甲基轉移酶分析法、氯乙醛反應法、免疫學抗體技術等，已經不能滿足現代表觀遺傳學研究的需求。今年來常用的基因組甲基化的方法有以下兩種。
1. 甲基化敏感擴增多態性實驗
甲基化敏感擴增多態性實驗技術被用于檢測雙向型真菌的DNA甲基化，它是在擴增片段長度多態性技術的基礎上建立起來、基本程序是：提取高質量的基因組DNA，分別用EcoRⅠ/HpaⅡ，EcoRⅠ/MspⅠ兩種酶組合對基因組DNA進行雙酶切，并連上相應的限制性內切酶的接頭，然后以接頭序列設計的預擴增引物，進行PCR擴增。擴增產物稀釋后，再加入帶有選擇性堿基的引物，進行第二次PCR擴增，擴增產物變性后在6%的序列膠上進行電泳，zui后采用銀染或同位素放射
自顯影方法處理序列膠，統計和分析DNA條帶。這種方法在研究動植物基因組甲基化上有廣泛應用。NSAP技術相對其他測定DNA甲基化程度的技術有如下優點：
① 不需要知道被測DNA序列信息，在不同生物上具有通用性，可用于DNA序列背景知識未知的生物。
② 操作相對簡便，在AFLP技術體系的基礎上無需改進，即可操作。
③ 可在全基因組范圍檢測CCGG位點的胞嘧啶甲基化變化。
MSAPjishu的局限性在于不能完成非CCGG位點的胞嘧啶甲基化。
2. 液相層析及相關方法
液相層析能夠定量測定基因組整體甲基化水平，其過程是：先將DNA樣品經鹽酸或氫氟酸水解成堿基，水解產物通過色譜柱，將結果與標準品比較，紫外光測定吸收峰值，計算5rrC/（5rrC+5C）的積分面積得出基因組整體的甲基化水平。
此法相對HPLC，更為簡便、快速、經濟。測定甲基化的敏感性較高。
