多肽合成又叫肽鏈合成，是一個固相合成順序一般從C端(羧基端)向N端(氨基端)合成。
多肽合成的步驟：
1、樹脂的選擇及氨基酸的固定
用于多肽合成的高分子的載體主要有3類:交聯聚苯乙烯;聚酰胺;聚乙烯乙二醇脂類樹脂。氨基酸的固定主要是通過保護的氨基酸的羧基同樹脂的反應基團之間形成共價鍵來實現。
2、氨基、羧基、側鏈的保護及脫除
要成功合成具有特定的氨基酸順序的多肽，需要對暫不參與形成酰胺鍵的氨基和羧基加以保護，同時對氨基酸側鏈上的活性基團也要保護，反應完成后再將保護基團除去。
近年來，FMOC合成法得到了廣泛的應用。羧基通常用形成酯基的方法進行保護，甲酯和乙酯是逐步合成中保護羧基的常用方法。
3、成肽反應
固相中的成肽反應一般是將兩個相應的氨基被保護的氨基酸，及羧基被保護的氨基酸放在溶液內并不形成肽鍵，要形成酰胺鍵，經常用的手段是將羧基活化，變成混合酸酐、活潑酯、酰氯或用強的縮合劑(如碳二亞氨)形成對稱酸酐等方法來形成酰胺鍵。
4、裂解及合成肽鏈的純化
BOC法用TFA+HF裂解和脫側鏈保護基，FMOC法直接用TFA，有時根據條件不同，其它堿、光解、氟離子和氫解等脫保護方法也被采用。合成肽鏈進一步的精制、分離與純化通常采用液相色譜、親和層析、毛細管電泳等。
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