用福爾馬林固定組織會導致RNA-RNA和RNA-蛋白質的交聯，這會影響RNA在酶學分析中的性能。FFPE樣本固定和包埋同樣會導致核酸的嚴重片段化。RNeasy FFPE Kit提供了*的裂解和孵育條件來逆轉福爾馬林對RNA的修飾。裂解緩沖液能使RNA從FFPE組織樣本中有效釋放，并防止進一步的RNA降解。經優化的條件能純化得到所有可用的RNA，使用RNeasy FFPE Kit從FFPE樣本中得到的RNA的產量比其他方法更高。

整個RNeasy FFPE操作流程可在85分鐘內完成（參見"RNeasy FFPE procedure"）。使用蛋白酶K裂解樣本僅需15分鐘。裂解后，樣本在80ºC下孵育15分鐘。之后，用DNase處理能有效去除樣本中的基因組DNA，包括小的DNA/片段。后，使用RNeasy MinElute離心柱即可收集純化的RNA，洗脫體積14–30 µl。純化過程可在QIAcube全自動核酸純化儀上全自動進行。

RNeasy FFPE Kit可純化FFPE 樣本中所有大于70 nt RNA，得到適用于RT-PCR等眾多下游應用的RNA/片段。但是，從FFPE樣本中純化得到的RNA會嚴重片段化，不能用于需要完整RNA的下游應用。如果使用片段化RNA可能需要做些修飾（例如在RT-PCR時設計小的擴增子）。進行cDNA合成時，不能使用oligo-dT引物，而要使用隨機或基因特異性引物。