atcc菌種具有多種保藏菌種的方法：
1、冷凍干燥保存法
它的原理是首先將微生物冷凍，然后在減壓下利用升華現象除去水分。從菌體中除去大部分水分后，細胞的生理活動就會停止，因此可以達到長期維持生命狀態的目的。該方法適用于絕大多數微生物ATCC菌種（包括噬菌體和立克次氏體等）的保存。
2、懸液保存法
即使微生物混懸于適當溶液中進行保存的方法。常用的有：蒸餾水保存法：適用于霉菌、酵母菌及絕大部分放線菌，將其菌體懸浮于蒸餾水中即可在室溫下保存數年。本法應注意避免水分的蒸發。糖液保存法：適用于酵母菌，如將其菌體懸浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗處保存，可長達10年。除此之外，也可使用緩沖液或食鹽水等進行保存。
3、液體石蠟覆蓋保存法
該法較前一種方法保存ATCC菌種的時間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細菌等的保存。此法可防止干燥，并通過限制氧的供給而達到削弱微生物代謝作用的目的。其具有方法簡便的優點，同時也適用于不宜冷凍干燥的微生物（如產孢能力低的絲狀菌）的保存，而某些細菌不宜采用此法進行ATCC菌種保藏。
4、傳代保存法
有些微生物當遇到冷凍或干燥等處理時，會很快死亡，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養保存法。傳代培養就是要定期地進行ATCC菌種轉接、培養后再保存，它是最基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生產菌種的保存。
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