生化處理，這是整個處理工藝的核心，通過微生物的新陳代謝，分解廢水中溶解性機物；生化處理（二處理） 根據養殖廢水高生化性的特點，生化處理技術越來越多的出現在了養殖廢水處理中，生化處理根據其工作原理的不同可以分為：厭氧生化處理、好氧生化處理和自然處理法。

    ①厭氧生化處理： 厭氧生物處理技術即為在厭氧狀態下，污水中的機物被厭氧細菌分解、代謝、消化，使得污水中的機物含量大幅減少，同時產生沼氣的一種的污水處理方式。在厭氧處理過程中，廢水中的機物經大量微生物的共同，被終轉化為甲烷、二氧化碳、水、硫化氫和氨等。 常用的方法：完混合式厭氧消化器（CSTR）、厭氧接觸反應器、厭氧濾池（AF）、上流式厭氧污泥床（UASB）、厭氧流化床（AFB）、升流式固體反應器（USR）等。目前內養殖場廢水處理主要采用的是上流式厭氧污泥床及升流式固體反應器工藝。

    ②好氧生化處理： 好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解機物，同時合成自身細胞(活性污泥)。在好氧處理中，可生物降解的機物終可被完氧化為簡單的機物。 該方法主要活性污泥法和生物濾池、生物轉盤、生物接觸氧化、序批式活性污泥法、A/O及氧化溝等。

    ③自然處理技術： 自然處理法是利用天然水體、土壤和生物的物理、化學與生物的綜合來凈化污水。其凈化方式主要包括過濾、截留、沉淀、物理和化學吸附、化學分解、生物氧化以及生物的吸收等。其原理涉及生態系統中物種共生、物質循環再生原理、結構與功能協調原則，分層多截留、儲藏、利用和轉化營養物質機制等。這類方法投資省、工藝簡單、動力消耗少，但凈化功能受自然條件的制約。自然處理的主要模式氧化塘、土壤處理法、人工濕地處理法等。