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氣相色譜儀是以氣體作為流動相（載氣）。當樣品由微量注射器“注射”進入進樣器后，被載氣攜帶進入填充柱或毛細管色譜柱。由于樣品中各組分在色譜柱中的流動相（氣相）和固定相（液相或固相）間分配或吸附系數的差異，在載氣的沖洗下，各組分在兩相間作反復多次分配使各組分在柱中得到分離，然后用接在柱后的檢測器根據組分的物理化學特性將各組分按順序檢測出來。檢測器對每個組分所給出的信號，在記錄儀上表現為一個個的峰，稱為色譜峰。
色譜峰上的極大值是定性分析的依據，而色譜峰所包羅的面積則取決于對應組分的含量，故峰面積是定量分析的依據。一個混合物樣品注入后，由記錄儀記錄得到的曲線，稱為色譜圖。分析色譜圖就可以得到定性分析和定量分析結果。
氣相色譜儀點火困難或者反復熄滅怎么辦？
首先檢查氣相色譜儀連接導線并打開離子室頂蓋， 低壓點火可直接觀察點火線圈是否發紅， 接地是否接觸不良。高壓點火可從氣相色譜儀檢測器中取出在外面打火，調節打火距離并檢查充電電容是否漏電而使放電電壓不夠。如果氣相色譜儀點火裝置正常，檢查是否氣路有問題，例如氫氣漏氣、氫氣流量不足、氫氣載氣流量比不正確、噴嘴堵塞或部分堵塞等。
值得注意的是環境溫度、濕度對點火會產生嚴重影響，尤其在北方秋冬季，如果氣相色譜儀長時間放置不用，由于色譜柱、檢測器系統濕度較大，氣相色譜儀檢測器溫度太低，火焰噴嘴產生水蒸氣冷凝現象，也可造成點火困難或檢測過程中反復熄火，使檢測無法進行。此時應在實驗條件如柱溫、檢測器溫度及載氣流量下開機恒溫運行數小時，或者提高柱溫和檢測器溫度，降低載氣流量，縮短運行時間，驅除色譜柱、檢測器系統中的水蒸氣，同時保證室內溫度、濕度達到氣相色譜儀工作要求。
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