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實驗室使用的全自動PCR儀，熒光定量PCR儀都是高精度儀器。一旦儀器出現一些溫度或者檢測上的小偏差，則很可能對實驗結果產生較大的影響。因此，學會日常保養和維護是尤為重要的。
1、儀器安置
儀器應安放在濕度較低、灰塵較少并遠離水源和熱源的地方，無腐蝕性氣體或強磁場干擾。
環境溫度建議在18~35℃之間。儀器之間應保持50cm以上距離，降低儀器之間的影響。
2、樣品臺、熱蓋定期清潔
用95%乙醇配合棉簽、無塵布等工具，清潔樣品臺。之后運行PCR儀，設定保持溫度為50℃，約5~10min，讓殘余液體揮發去除。
另外，熱蓋也應該用酒精或純水定期清洗，確保熱蓋清潔，溫控性能良好。對于熒光定量PCR，清潔樣品臺和熱蓋的同時，去除灰塵等雜物，保證光路清潔，降低信號干擾。
3.使用前預熱
老款的PCR儀的性能比不上新款儀器，使用前需要進行預熱，不僅對儀器維護有好處，還能節約實驗時間。新款的儀器升溫快，但還是建議最好能在進行實驗前預熱2min，這樣可以有效延長儀器的使用壽命。
4.定期運行維護
1.PCR儀器需要定期檢測，視制冷方式而定一般半年至少一次。
2.PCR反應的要求溫度與實際分布的反應溫度是不一致的，當檢測發現各孔平均溫度差偏離設置溫度大于1～2℃時，可以運用溫度修正法糾正PCR實際反應溫度差。
3.PCR反應過程的關鍵是升、降溫過程的時間控制，要求越短越好，當PCR儀的降溫過程超過60s，就應該檢查儀器的制冷系統，對風冷制冷的PCR儀要較*地清理反應底座的灰塵；對其他制冷系統應檢查相關的制冷部件。
4.一般情況如能采用溫度修正法糾正儀器的溫度時，不要輕易打開或調整儀器的電子控制部件，必要時要請專業人員修理或利用儀器電子線路詳細圖紙進行維修。
其他注意事項：
另外，由于生產廠家和儀器型號的不同，儀器在保養上也會有差異，有些熒光定量PCR儀，采用底部檢測的模式，平時使用儀器附件中的橡膠風球吹去樣品臺上的灰塵等。必要的時候，可以用棉簽沾取*清潔，但需要注意不要把液體滴入檢測孔中，防止影響里面的光路部件。
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