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如何解決酶切切過頭的問題？2021/08/25

之前談到了酶切切不動的問題。這一次，我們探討一下酶切的另外一端：酶切切過頭的問題。還是按照一貫的做法和思路，發現主要是兩個原因導致的，解決辦法也是有的。一、酶切時間過長酶切時間過長的確有時候會對目的條帶有影響，因為你用的酶可能會有星號活性。那么什么叫星號活性呢？通俗一點講，就是酶不去切它該切的地方，瞎切一氣......酶切時間過長，會導致最后亂切。安培建議：雙酶切不要超過5小時。其實一般3-4小時足夠了。你應該有提供給你酶的生物試劑公司的相應的說明書的吧？上面都有寫明酶的活性和作用時間。現在的酶

【技術】酶切、酶切，切還是不切？2021/08/24

酶切，作為一種常用的分子克隆的手段，如果應用得當，可謂寶刀屠龍，無往而不利；如果應用不當，又會步步維艱。真是讓人歡喜讓人憂愁。酶切，最常見的問題就是切不動和切過了。這些問題比較復雜。下面，先講一講切不動的問題。切不動可能的原因：1.酶不匹配解決的方法：如果是雙酶切A和B，預實驗中必須做A和B各自的單酶切和A+B的雙酶切,好確認這幾種酶都好用，質粒上的切點都好用。2.體系的問題解決的方法：酶切盡量用大體系，如50ul、100ul等。大體系能稀釋內切酶包裝中的甘油，對反應有利。3.酶的量太少解決的方

瓊脂糖凝膠電泳、酶和試劑的使用等一些注意事項2021/08/24

基因克隆在發明后的32年，需求一直不斷增加，但是有些小伙伴的重組質粒就是怎么樣都構建不出來。其實，看似簡單的傳統基因克隆，可是存在著重重陷阱！美國羅林斯研究中心（RollinsResearchCenter）IchiroMatsumura在一期的《BioTechniques》上分享了他的經驗：“WhyJohnnycan’tclone:Commonpitfallsａndnotsocommonsolutions.”小編今天就把核心的“姿勢”給大家提煉出來，主要是瓊脂糖凝膠電泳、酶（DNA聚合酶、限制性

DNA載體構建——【干貨】三圖讓你秒懂質粒圖譜2021/08/24

很多人拿到一個質粒圖譜，第一反應只能是仰天長嘯，這是什么玩意？這些ori、RBS、tet是什么鬼？這些箭頭代表什么，轉錄的方向嗎？為什么都不相同，不會“撞車”么？來，看幾張圖，上面的問題就能一一破解。第一步：先了解質粒的基本組成元素。1）復制起始點Ori。該位點決定了質粒的宿主及質粒的拷貝數，它是質粒中一段特定序列，富含AT和重復序列。Tips：圖譜上只有一個Ori，表示質粒是原核克隆表達質粒；有兩個Ori，則表示該質粒是，穿梭質粒，即可在原核也可在真核中復制。2）抗性篩選基因。圖譜中Kan/t

為什么不能用質粒DNA抽提試劑來提取基因組DNA？2021/08/24

導讀為什么同樣抽提質粒DNA的試劑不能用來抽提基因組DNA呢？差別很大么？要買兩種試劑盒真是麻煩啊！你還不要不相信，有小伙伴試過，還真沒抽提出來。今天小編就來和大家一起探究下原因！基因組DNA的抽提，一般不會用到質粒抽提的試劑盒，究其原因是由于兩者的原理*不同。兩者不都是DNA抽提么？其實關鍵在于這兩者在實驗的初始設計上就*不同。先給大家解釋一下質粒抽提吧。質粒抽提質粒抽提通常用的是堿裂解法，一般的試劑盒都會有SolutionⅠ，SolutionⅡ，SolutionⅢ，有的還會有Solution

【技術貼】DNA 純化實驗的幾種常用方法2021/08/24

DNA純化是分子生物學研究中經常需要用到的一種方法。一般來說，做DNA純化有3個目的：1.獲得高純度的DNA；2.濃縮DNA；3.用DNA做測序，芯片等生物信息學方面的實驗。下面，談一談DNA純化的幾種常用方法。DNA純化實驗基本上可以分為PCR清潔試劑盒純化法和DNA凝膠回收純化法兩大類。PCR清潔試劑盒純化法又稱為硅膠膜吸附法。因為它的原理是：硅膠膜可在高鹽條件下結合DNA，又可在低鹽條件下與DNA分離。而DNA溶液中的其他渣渣包括引物、單核苷酸、酶、礦物油、鹽離子等，因為沒有DNA的這種神

干貨貼：NCBI 上的這些字母都是什么意思？2021/08/24

NCBI上基因前面有個accession（編號）分別有NC、NM、NP、GI、XP、XM、BC、AB、NG、AJ、AC、AY和AF等等，然后后面是一串數字，都是什么意思？？特別是看Blast結果時，這些編號到處都是的，根本不知道哪個才是想要的好么！！莫慌，今天就給大家理理順！ACCESSION是NCBI序列數據中我們常用到編號（另一個是GI）。ACCESSION形式為CC_#####，其中CC為兩個字母，其不同組合又可以區分為蛋白序列、核酸序列或基因組序列，而#為位數不等的數字；ACCESSIO

DNA序列比對——Blast，序列比對界中的先鋒！2021/08/23

NCBI中的Blast被譽為序列比對界中的先鋒，并非浪得虛名的，它多才多藝（功能多樣），博學多識（比對面面俱到），還廣交天下名人雅士（可獲得各大數據庫的信息）。今天，小編讓大家見識一下老大的風采。首先，登陸blast主頁blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgiBlast導航主頁面主體包括三部分BLASTAssembledGenomes、BasicBLAST和SpecializedBLAST。BLASTAssembledGenomes：就是讓你選擇你要對比的物種，點擊物種之

如何在 NCBI 上進行菌種的同源性比對2021/08/23

當我們將未知菌株送到公司測序時，并不意味著公司會直接告訴我們未知菌株是什么種什么屬的，他們只會給你未知菌株的測序序列，這時候就需要我們自己在NCBI上進行同源性比對。下面結合實驗經歷跟大家交流一下。首先，我們先來弄清楚幾個概念：Query：數據庫中的序列alignments：比對上的兩個序列hits：兩個序列比對上的片段Score：比對得分，如果序列匹配上得分，不一樣，減分，分值越高，兩個序列相似性越高EValue：相對的一個統計值，值越小，越可信Length：輸入序列的長度Identities

Thp-1細胞高效率轉染條件分享2021/08/23

一、轉染材料準備1.轉染試劑用量：10ul2.siRNA濃度：20um/L3.細胞密度：1*106-1*1054.轉染用培養板：6孔板5.轉染試劑：AdvancedDNARNA轉染試劑；貨號：AD6000256.轉染時間：48小時7.細胞培養胎牛血清：Z7180FBS-500超低內毒素胎牛血清8.細胞凍存液：L0100無血清細胞凍存液.注意：本細胞轉染用量條件不適合lipo使用。操作過程：1.提前1天接種細胞：細胞匯合度在60-80%左右，再進行轉染。2.核酸復合物制備：將核酸與轉染試劑按照比例

U937細胞高效率轉染條件分享2021/08/23

一、轉染材料準備1.轉染試劑用量：10ul2.DNA/siRNA濃度：電訊3.細胞密度：1*106-1*1054.轉染用培養板：6孔板5.轉染試劑：zetalife,AdvancedDNARNA轉染試劑；貨號：AD6000256.轉染時間：15小時7.細胞培養胎牛血清：Z7181FBS-500胎牛血清8.細胞凍存液：L0100無血清細胞凍存液注意：本細胞轉染用量條件不適合lipo使用。操作過程：1.提前1天接種細胞：細胞匯合度在60-80%左右，再進行轉染。2.核酸復合物制備：將核酸與轉染試劑按

如何預測新基因編碼蛋白的氨基酸序列2021/08/21

當我們想研究一個新基因的功能時，我們首先預測一下它是否編碼蛋白，如果編碼蛋白，那編碼出的蛋白的最有可能的氨基酸序列是什么？當我們預測出該基因編碼的蛋白的氨基酸序列后，在數據庫中比對，如果比對出了一個高度相似的已知蛋白，那我們可以根據該蛋白的功能來大概的推測我們要研究的新基因所編碼的蛋白的功能，這將為我們之后研究該新基因的功能提供方向。接下來我們就來說一下怎樣預測一個新基因編碼的蛋白的氨基酸序列。首先我們需要做的就是通過5’-ａnd3’-RACE技術得到該基因的全長cDNA序列，然后按以下步驟進行

【干貨】如何尋找基因信息？用 Pubmed 來尋找基因信息2021/08/21

說起Pubmed我們大家都不陌生，當然，找文獻可都靠它呢。不過，這個美國國立醫學圖書館的搜索引擎可不止能干這個。它只是NCBIEntrez整個數據庫查詢系統中的一個。PubMed界面提供與綜合分子生物學數據庫的鏈接，其他的內容還包括：DNA與蛋白質序列，基因圖數據，3D蛋白構象，人類孟德爾遺傳在線等。這次我們要講的就是怎么用里面的NCBI來查找所需要的基因信息。如何尋找基因信息首先，打開NCBI網頁ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，選擇[gene]，輸入您要的基因名稱（可簡寫），

NCBI 竟然能批量下載基因序列!2021/08/21

第一步：整理排列好基因登入號，NCBI檢索nucleotide第二步：調整展示界面DisplaySettings第三步：選擇文件發送內容Send第四步：合適的打開方式DNAstar軟件下面就給你們演示下：第一步：每個基因都有它的Accessionnumber（基因登入號，好比ID一樣），這個你們已經拿到手了吧，首先登入NCBI網站ncbi.nlm.nih.gov/，在AllDatabases處下拉，選擇nucleotide，將基因的Accessionnumber都排列在一起，用空格隔開，不要有回

【DNA序列查詢】NCBI——序列尋找之旅2021/08/21

Pubmed也是科研人員常用工具之一，其實NCBI的功能不僅僅局限在查文獻上，其他功能由于用的少，只給大家介紹下基因序列的查找，包括全基因組、CCDS、剪接體等等。①打開NCBI主頁在下拉框里選擇Gene選項，輸入基因名稱（p53）②搜索結果會有種屬的區別，要看清你要的種屬（homo）③結果頁的右側是它包含的內容，可以直接選擇你要的項，調到那個位置④Genomicregeions，transcripts，andproducts這個選項中，是以圖的形式顯示基因序列，在tool中選擇sequence

DNA序列查詢——NCBI良心教程，尋找基因轉錄本序列及相關編碼蛋白2021/08/21

提及NCBI我們大家都不陌生，研究物種基因功能可都靠它呢。在NCBI的快速搜索下，基因轉錄本序列以及相關編碼蛋白信息那也是手到擒來。然而當我們查找某個基因的相關信息時，就會發現該基因有很多個轉錄本。所以盡管基因查詢很簡單，但要精確定位到自己所需的轉錄本核酸序列及蛋白信息仍是一個問題，今天小編就手把手教大家如何通過經NCBI搞定此難題，以栗子為主，包學包會。步驟1.打開pubmed：ncbi.nlm.nih.gov/pubmed2.選擇基因并輸入你要查找的基因名稱，這里以TP53基因為例：3.點擊

PCR實驗耗材你選對了嗎？2021/08/19

聚合酶鏈式在哪反應？PolymeraseChainReaction聚合酶鏈式反應什么是聚合酶鏈式反應？聚合酶鏈式反應（polymerasechainreaction，PCR）是一項用于放大擴增特定的DNA片段的分子生物學技術，它是在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下，將該段DNA擴增至足夠數量，以便進行結構和功能分析。影響PCR實驗的因素之一——耗材在PCR實驗中，影響擴增效果的因素有很多。我們能想到的有dNTP的質量與濃度、模板核酸的量與純化程度、引物的設計、DNA聚合酶的濃度、擴增長度等問題

間充質干細胞如何培養？2021/08/19

間充質干細胞如何培養？間充質干細胞是干細胞的一個研究分支。干細胞是一類具有自我復制和多向分化能力的細胞，它們可以不斷地自我更新，并在特定條件下轉變成為一種或多種構成人體組織或器官的細胞。干細胞是機體的起源細胞，是形成人體各種組織器官的始祖細胞。什么是間充質干細胞？間充質干細胞存在于多種組織(如骨髓、臍帶血和臍帶組織、胎盤組織、脂肪組織等），具有多向分化潛力，非造血干細胞的成體干細胞。這類干細胞具有向多種間充質系列細胞（如成骨、成軟骨及成脂肪細胞等）或非間充質系列細胞分化的潛能，并具有*的細胞因子

血清知識——熱滅活血清如何處理？有必要對血清進行熱滅活嗎？2021/08/18

血清熱滅活1.為何會有熱滅活血清呢？加熱可以滅活補體系統。啟動的補體系統參與溶解細胞事件，刺激平滑肌收縮，細胞和血小板釋放組胺，啟動淋巴細胞和巨噬細胞活化。在免疫學研究中，培養ES細胞、昆蟲細胞和平滑肌細胞時，推薦使用熱滅活血清。2.血清熱滅活是否必要？血清熱滅活的步驟在1970年代就已建立，至今成為很多實驗室的常規血清前處理步驟；但許多先前認為必須熱滅活的原因，卻早已經不再成立：●去除支原體污染?早期血清加工使用的450nm濾膜，早已被100nm濾膜取代；且隨著加工技術的創新及嚴格的監控，血清

血清沉淀是否會影響細胞生長？如何避免？2021/08/18

血清是細胞培養試劑中最基礎普遍的試劑之一，之前我們已經介紹過了有關特殊加工工藝血清的一些小知識（了解和認識胎牛血清，特殊加工工藝血清，您知道幾種？），那么今天我們將繼續了解有關血清沉淀與血清熱滅活的相關知識~血清沉淀是否會影響細胞生長？如何避免？血清沉淀1.血清沉淀是什么？血清中經常會出現肉眼可見的沉淀，其成分有多種類型，產生的原因有很多。主要有纖維蛋白（絮狀沉淀）、甲胎蛋白、脂蛋白、冷凝集素、玻粘連蛋白、磷酸鈣（顯微鏡下小黑點沉淀）、膽固醇等。●纖維蛋白（Fibrin）血清中肉眼可見的沉淀物大