倒置熒光顯微鏡光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45°角，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。此種熒光顯微鏡的優點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數愈大熒光愈強。
倒置顯微鏡具有在培養瓶或培養皿內進行顯微觀察的特點；可以觀察不經染色的透明活體；落射熒光顯微適用于熒光顯微術。該儀器特別適用于對活體細胞和組織、流質、沉淀物等進行顯微研究，是生物學，細胞學，腫瘤學，遺傳學，免疫學等研究工作的理想儀器。可供科研、高校、醫療、防疫和農牧等部門使用。倒置熒光顯微鏡是由倒置顯微鏡和落射熒光顯微鏡組成。儀器配有長工作距離平場消色差物鏡、大視野目鏡、雙目觀察，倒置顯微鏡還配有特長或超長工作距離聚光鏡，同時配有相襯裝置及長工作距離平場相襯物鏡。
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