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Nature Communications發(fā)布新基因組草圖
閱讀：710 發(fā)布時(shí)間：2014-11-21 來(lái)浙江海洋學(xué)院、上海交通大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)等處的研究人員，成功繪制出了大黃魚(yú)（large yellow croaker）的基因組序列草圖，由此揭示出大黃魚(yú)具有發(fā)育良好的先天免疫系統(tǒng)。相關(guān)研究成果發(fā)表在11月19日的《自然通訊》（Nature Communications）雜志上。
上海交通大學(xué)的賀林（Lin He）院士、浙江海洋學(xué)院院長(zhǎng)吳常文（Changwen Wu）教授以及復(fù)旦大學(xué)的Yun Liu是這篇論文的共同通訊作者（延伸閱讀：賀林院士綜述：疾病全基因組關(guān)聯(lián)分析 ）。
大黃魚(yú)是中國(guó)的一種重要經(jīng)濟(jì)海生魚(yú)類，主要生活在中國(guó)東部和南部的沿海水域。不幸的是，在過(guò)去的幾十年里野生種群嚴(yán)重遭受過(guò)度捕撈。盡管自1985年以來(lái)中國(guó)的黃魚(yú)人工海產(chǎn)養(yǎng)殖取得了一些進(jìn)展，水產(chǎn)養(yǎng)殖黃魚(yú)有可能降低了遺傳多樣性以及抗病力。
此外，水產(chǎn)養(yǎng)殖的黃魚(yú)極易受到各種海洋病原體的侵害，包括細(xì)菌（弧菌、諾卡氏菌和假單胞菌）、病毒（虹彩病毒）和寄生蟲(chóng)（刺激隱核蟲(chóng)和本尼登蟲(chóng)）。傳染病爆發(fā)以及海產(chǎn)養(yǎng)殖黃魚(yú)抗病力下降顯著地影響了水產(chǎn)業(yè)。研究人員懷疑，黃魚(yú)容易生病有可能是由于其免疫系統(tǒng)的特殊基因組和進(jìn)化模式所致。
以往在包括黃魚(yú)在內(nèi)的一系列硬骨魚(yú)類中，科學(xué)家們對(duì)幾種免疫相關(guān)基因進(jìn)行了研究。累積的豐富知識(shí)顯示出硬骨魚(yú)先天免疫系統(tǒng)的復(fù)雜性，而與適應(yīng)性免疫相關(guān)的信息仍然不足。對(duì)黃魚(yú)的一些免疫過(guò)程進(jìn)行基因表達(dá)分析，發(fā)現(xiàn)了編碼如Toll樣受體（TLRs）、白細(xì)胞介素(ILs)、腫瘤壞死因子(TNFs)等先天防御分子的一些基因在感染后顯著下調(diào)。全基因組測(cè)序揭示出大西洋鱈魚(yú)*的免疫系統(tǒng)：其缺乏編碼組織相容性復(fù)合物（MHC）II類分子、CD4和恒定鏈(Ii)的基因。而MHC I類分子基因擴(kuò)增補(bǔ)償了CD4+輔助T細(xì)胞的缺失。