（一）像素與灰度
1．像素 是構成顯示器圖像的zui基本單元，按行和列（X和Y）方向排列成矩列。任何一矩列均對應一個點，這些點稱為像素。單位面積屏幕上像素愈多則圖像愈清晰，即分辨率愈高，顯示的圖像也越細膩和真實。數字圖像的像素越多，灰度量化等級也越多，圖像分析儀分析出的結果越準確。但是。當像素達到一定量時，由于圖像分析儀計算機的存儲量和計算量呈幾何級數增大，從而減慢了計算機的處理速度。
2．灰度 系指圖像每一像素的明暗（深淺）程度，即該像素的圖像由黑到白變化的量化等級。顯微圖像分析系統的灰度量化等級均為2n，較常見的為28，即256個量化等級。灰度的量化等級越多，圖像分析系統的灰度分辨率越高，顯示出的圖像明暗層次越豐富。越接近被攝圖像的真實顏色的明暗（深淺）層次。灰度值的大小與物質含量多少呈反比關系，灰度值越小，表示染色越深，所含物質的量越多（0代表黑色，2n—1代表白色）。一般人眼能分辨的灰度級僅為15～25，計算機在灰度的分辨能力上要強于人眼，因此，當人眼用顯微鏡觀察得出無明顯差別時，用圖像分析系統則可能反映出兩者的顯著差異。

（二）色彩
依據圖像的顏色可分為黑白圖像與彩色圖像，后者又可再分為偽彩色圖像與真彩色圖像。黑白圖像沒有色彩信息，偽彩色圖像僅僅是根據灰度值人為地設定為不同的顏色，以便于進一步分析。真彩色圖像是由圖像采集裝置將每一像素的真實色彩分解為紅、綠、藍三種原色信號，每種原色信號又有其灰度等級，zui終再通過計算機重新編碼還原為彩色圖像。所以，真彩色圖像所包含的信息量多于前兩者。

（三）光密度
光密度又稱吸光度，是指光線通過某一物質前與通過后光強度（Io與Ib）比值的對數值，即log（Io／Ib）。光密度值與物質含量成正比關系，光密度值越小，說明光線被吸收的程度越小，物質含量則越低。

（四）長度
對于形狀不規則的線形組織結構，一般方法很難計算出長度，如組織中的毛細血管和神經纖維，細胞超微結構中的各種膜性結構等，以往常用排列稀疏或密集等詞描述，圖像分析儀則可測出各種圖像周界線的長度。例如：在活檢組織的子宮頸上皮細胞電子顯微鏡照片上，測出一定范圍內的細胞膜長度為8128像素，橋粒長度為1229像素，計算出橋粒長度占細胞膜總長度的15％，用此方法觀察到癌細胞的橋粒值遠小于正常細胞，因此，則可以提出癌細胞轉移的原因之一可能與癌細胞之間的細胞連接減少有關。

（五）面積
在光鏡或電鏡免疫組織化學標本觀察中，均涉及標本中某些結構面積變化的問題。圖像分析儀在一定放大倍數下，可以測出每平方微米含多少像素，方法是畫出待測結構輪廓，在此輪廓范圍內含多少像素可立即顯示出來，這樣即可很快算出面積的數值。例如在鐵蛋白法、膠體金法免疫電鏡技術中，可用上述方法進行單位面積中反應產物顆粒的計數，由此進行各種實驗條件下的比較。