雙槽梯度PCR儀通常有12種溫度梯度，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。因為被擴增的不同DNA片段，其退火溫度是不同的，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增，就可以篩選出表達量高的退火溫度，進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節約成本的同時也節約了時間。主要用于科研，教學機構。梯度PCR儀，在不設置梯度的情況下也可以做普通PCR擴增。具有雙槽梯度的不多，領成具備此功能。
雙槽梯度PCR儀增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，就成了熒光定量PCR儀。其PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統得出量化的實時結果輸出。把這PCR儀叫做實時二手熱循環儀PCR儀(qPCR儀)。熒光定量PCR儀有單通道，雙通道，和多通道。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記的目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。
雙槽梯度PCR儀該怎樣設置梯度？
一般別的的步驟和普通PCR都一樣，不同在于復性溫度的設置，多數是先設定一個復性溫度的范圍，然后是該范圍內的梯度數，(有的還有0.5和0.2微升EP管之分)，PCR儀會很據這兩個數據給出每個梯度數的具體溫度，然后你根據這些溫度選擇接近你所希望的復性溫度較接近的溫度所在的孔的位置，將ep管插入這些孔即可。
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