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離子排阻色譜分離測定的是低電離度的分子而不是離子，分離在離子交換柱上實現。它的理論基礎是說明離子通過膜擴散的Donna平衡，其主要論點是離子交換劑上大體積不擴散離子可排斥同電荷小離子擴散進入該相。

 

由于陽離子和陰離子交換劑排阻離子，使快速通過色譜柱，無保留或保留值很小；而非離子性溶質被分布、保留并實現分離。其保留基于溶質分子與交換劑之間范德華力、偶極、疏水作用等。有機酸同系物保留值隨碳數增加；具相同碳數長鏈脂肪酸保留值隨羧基增加而降低；芳環衍生物比同碳數脂肪族化合物保留值要高。

 

排阻色譜又稱凝膠色譜或凝膠滲透色譜，是利用被分離物質分子量大小的不同和在填料上滲透程度的不同，以使組分分離。常用的填料有分子篩、葡聚糖凝膠、微孔聚合物、微孔硅膠或玻璃珠等，可根據載體和試樣的性質，選用水或有機溶劑為流動相。

 

離子排阻色譜與離子交換色譜在裝置上沒有什么區別。固定相是通常的磺化S—DVB陽離子交換樹脂。樹脂中二乙烯基苯的含量影響弱酸的保留，一般而言，交聯度越低，就有越多的電解質進入到樹脂內部，使弱酸的保留增強。