液相色譜柱是液相色譜分離能力的核心部分，其化學性質參數包括以下幾個方面：
1、硅膠基質
硅膠基質是通用的基質，強度大，化學修飾容易，但使用的pH值范圍有限(一般為2—8，特殊修飾的可以達到1—12)。
2、聚合物基質
聚合物基質多為聚苯乙烯—二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂，化學穩定，應用pH范圍寬，具有更強的疏水性，對蛋白質等樣品分離效果較好;但強度較小，有機溶劑可能導致聚合物溶脹而受損，批次重復性較差，商品化色譜柱不多，一般價格較貴。
3、載碳量
載碳量是基質表面鍵合相的比例，載碳量高，則保留增加，適合分析非極性化合物。
4、鍵合相
鍵合試劑不同，對化合物的選擇性不同，一般長鏈的烷基鍵合相(C18 C8)比短鏈的(C4 C3)穩定;非極性的鍵合相比極性的鍵合相(-NH2)穩定。
5、封端
用短鏈將裸露的硅羥基鍵合后封閉起來，以減少殘留的硅醇基，減輕待測組分與酸性硅羥基反應而引起的色譜峰拖尾現象。尤其對于極性樣品而言，未封端處理的色譜柱分離效果較差。
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