1. 緩沖系統：在沒有離子存在時，電導率小，DNA不遷移，或遷移極慢，在高離子強度的緩沖液中，電導很高并產熱，可能導致DNA變性，因此應注意緩沖液的使用是否正確。長時間高壓電泳時，常更新緩沖液或在兩槽間進行緩沖液的循環是可取的。
2. 瓊脂糖：不同廠家、不同批號的瓊脂糖，其雜質含量不同，影響DNA的遷移及熒光背景的強度，應有選擇地使用。
3. 凝膠的制備：凝膠中所加緩沖液應與電泳槽中的相一致，溶解的凝膠應及時倒入板中，避免倒入前凝固結塊。倒入板中的凝膠應避免出現氣泡，影響電泳結果。如果產生氣泡，可用吸頭或者刀片將氣泡撥到兩邊。
4. 樣品加入量：一般情況下，0.5cm寬的梳子可加0.5ug的DNA量，加樣量的多少依據加樣孔的大小及DNA中片段的數量和大小而定，過多的量會造成加樣孔超載，從而導致拖尾和彌散，對于較大的DNA此現象更明顯。
5. 電泳系統的變化會影響DNA的遷移，加入DNA標準參照物進行判定是必要的。如果樣品過多，可以在凝膠兩邊各點一孔DNA標準，或者將DNA標準點在中間。
6. DNA樣品中鹽濃度會影響DNA的遷移率，平行對照樣品應使用同樣的緩沖條件以消除這種影響。
7. DNA遷移率取決于瓊脂糖凝膠的濃度，遷移分子的形狀及大小。采用不同濃度的凝膠有可能分辨范圍廣泛的DNA分子，制備瓊脂糖凝膠可根據DNA分子的范圍來決定凝膠的濃度。小片段的DNA電泳應采用聚丙烯酰胺凝膠電泳以提高分辨率。
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