赫斯特熒光染料是細胞生物學等科學研究中*的重要工具，熒光濾色塊是熒光顯微鏡中至關重要的一個部件。
熒光染料由于靈敏度高，操作方便，逐漸取代了放射性同位素作為檢測標記，其廣泛應用于熒光免疫，熒光探針，細胞染色等。包括特異性的DNA染色，用于染色體分析、細胞周期、細胞凋亡等相關研究。另有很多核酸染料在多色染色系統中是非常有用的復染劑，可作為背景對照，標記細胞核使細胞內結構的空間關系一目了然。
在操作熒光染料亮度的時候，我們可以按照普通的比較方法去比較熒光染料的亮度，那么一般熒光染料亮度怎么進行比較?
赫斯特熒光染料的亮度可以用來比較不同熒光染料的熒光標記效果，通過陰性細胞群與陽性細胞群的熒光信號之間的關系來表示。但陰性細胞群的熒光信號受到信號強度、自發熒光、非特異性染色、儀器的電子噪聲等多個因素相關。
熒光染料染色指數是陽性細胞群的平均熒光強度與陰性細胞群的平均熒光強度之差與陰性細胞群熒光強度標準差之間比值的一半。熒光染料染色系數只和抗體克隆與質量、熒光團純度與質量、熒光修飾比、激光線及其功率、長通和帶通濾光片、目的細胞等因素相關。
赫斯特熒光染料的染色指數與熒光染料的亮度呈正相關，也就是熒光染料亮度越高，染色系數也就高。
赫斯特熒光染料常用于熒光染料產品的制備，以及增白洗衣粉中的增白劑，指示信號用的各種熒光路標漆，熒光標志服等。熒光染料的其他用途包括：滲漏污水系統包括水和工業的污染物、連接系統、測量發電廠排出的液體、洗手間的滲漏、研究流量和繪圖，此外還用于纖維織物印染和某些特殊標志等。
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