醫療、制藥相關行業用離心機無論是要求非無菌環境還是無菌環境，其使用過程中對環境的要求提出了很高的要求，在高等級環境要求下，比如在無菌車間，就有萬級、十萬級等車間，良好的密閉性能可使得外部與機器內部保持有效的隔離。離心機內腔中的固、液、氣相不得與操作人員、外部環境產生交叉污染。一般而言，使用方在訂貨時應告知離心機制造商，提出密封要求。
機蓋的密封：機蓋因是可翻式，與機殼接合面應有可靠的密封措施，如果因密封結構或材質防腐失效，就可能造成液、氣相的泄漏，對環境、人員造成傷害。密封槽結構、密封條的防腐性能，在設計與選用時應充分考慮其密封性能和可靠性能。對于進料管、洗滌管、觀察鏡等附加裝置的安裝接口，也應有可靠的密封措施。
軸承位的密封：對于主軸螺母、軸承位的密封，以前的傳統機型在這方面的密封措施比較簡易，只能做到相對密封。如主軸螺母部位，主軸螺母與轉鼓接合面，一般不設置密封圈，離心機在運行過程中液相、氣相滲入，對主軸錐面產生腐蝕，甚至滲入軸承中，對軸承產生破壞，從而影響機器的正常使用。上軸承蓋一般都設置骨架式密封等結構，但上軸承蓋與轉鼓錐孔之間的一部分則暴露在外，離心機內腔中的氣相，則可能對主軸暴露面產生腐蝕。制藥行業所用的離心機，其所分離的物料中大都有機溶劑或酸、堿、鹽等介質，因此在訂購設備時應充分考慮到這些部位的密封要求，設置動密封或靜密封結構，以達到密封要求。
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