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DNase I footprinting assay（DNase I足跡分析實驗）可以精確鑒定DNA結(jié)合蛋白（如轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白）在DNA分子上的結(jié)合位點。轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白通過與啟動子區(qū)域結(jié)合來調(diào)控靶標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄。目前，凝膠阻滯實驗（EMSA）和DNase I足跡分析實驗是重要的一套體外研究工具：凝膠阻滯實驗可以確定轉(zhuǎn)錄因子是否與DNA直接結(jié)合，而DNase I足跡分析實驗則可以精確鑒定其結(jié)合的DNA序列，從而幫助我們研究基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的機制。經(jīng)典的DNase I足跡分析實驗需要使用同位素進行標(biāo)記，并在反應(yīng)完成后通過跑原始的DNA測序膠來檢測；該方法不僅危險，而且費時、對操作者的技術(shù)要求高、成功率低。針對這種情況，上海伯豪目前推出利用“熒光標(biāo)記”結(jié)合ABI測序儀的方法來進行DNase I足跡分析實驗。 

一、EMSA及Footprinting 實驗服務(wù)的優(yōu)勢： 

1.相對于“同位素標(biāo)記”，“熒光標(biāo)記”更安全、無污染； 
2.“熒光標(biāo)記”，實驗的速度快、重復(fù)性好、靈敏度高。 

● 熒光標(biāo)記法，由于可以進行DNA的精確定量，并可以在常規(guī)的實驗臺上面操作；同位素標(biāo)記法只能通過放射性強度來估測，且操作時需要特別的保護裝置，操作不便。因此，熒光標(biāo)記法的可重復(fù)性要遠遠好于同位素操作。 
● 原始的PAGE測序膠對操作者的技術(shù)要求很高，且條帶的清晰度受到多種實驗因素的影響；ABI測序儀的操作體系非常成熟，靈敏度高，重復(fù)性好。因此，熒光標(biāo)記法更靈敏度，獲得的保護區(qū)域更清晰，圖片的質(zhì)量更好。 

二、EMSA及Footprinting 實驗服務(wù)實驗及數(shù)據(jù)分析流程：

三、實例分析：

原文：Characterization of a New GlnR Binding Box in the Promoter of amtB in Streptomyces coelicolor Inferred a PhoP/GlnR Competitive Binding Mechanism for Transcriptional Regulation of amtB. Journal of Bacteriology. 2012,194(19):5237-44.

四、服務(wù)說明： 
● 該服務(wù)適用于：已經(jīng)通過EMSA等實驗證明轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白可以結(jié)合DNA，但是需要通過DNase I足跡分析實驗來進一步精確鑒定蛋白結(jié)合的DNA序列，以便研究其轉(zhuǎn)錄調(diào)控的機制?？蛻粜枰峁┘兓牡鞍?，DNA樣品及引物序列，同時需要提供EMSA結(jié)果圖及實驗參數(shù)以便于接下來的DNase I足跡分析實驗。 
● 公司同時提供蛋白純化或者EMSA實驗驗證，但需另計費用。 
● 本服務(wù)同樣適用于mRNA轉(zhuǎn)錄起始位點的鑒定，原理與DNase I足跡分析實驗類似，即在Primer extension實驗或者S1 mapping實驗中用熒光標(biāo)記法替代同位素標(biāo)記法。客戶需要提供高質(zhì)量的RNA樣品及目的基因序列。

五、近年來使用該技術(shù)發(fā)表的部分論文： 
1, Structural and functional analysis of the transcriptional regulator Rv3066 of Mycobacterium tuberculosis. Nucleic Acids Res. 2012,40(18):9340-55. 
2, LVIS553 Transcriptional Regulator Specifically Recognizes Novobiocin as an Effector Molecule. J Biol Chem. 2010,285(22):16921-30 
5, Detailed analysis of the DNA recognition motifs of the Xanthomonas type III effectors AvrBs3 and AvrBs3Δrep16. Plant J. 2009,59 (6): 859–871. 
4, A key developmental regulator controls the synthesis of the antibiotic erythromycin in Saccharopolyspora erythraea. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008,105(32):11346-51. 
5, A Pseudomonas aeruginosa transcription factor that senses fatty acid structure. Mol Microbiol. 2007,66(3):622-32. 
6, Anaplasma phagocytophilum p44 mRNA expression is differentially regulated in mammalian and tick host cells: involvement of the DNA binding protein ApxR. J Bacteriol. 2007,189 (23): 8651-9.