在觀察某些特定物體的時候，我們需要用到
熒光顯微鏡。熒光顯微鏡是利用的高發光率的點光源，經過濾色后得到一定波長的激發光，用激發光來激發被檢物中熒光物質而發出各種顏色的熒光，通過顯微鏡放大而成像的裝置。由于背景不會被激發出熒光，故與被檢物形成強烈的反差，這有利于分辨被檢物，即使熒光微弱，也能輕易識別，敏感性非常高，主要應用在細胞結構功能和化學成分的研究。
熒光顯微鏡的結構與普通光學顯微鏡類似，其主要區別在于熒光顯微鏡增加了熒光光源、雙色束分離器、激發濾片、阻斷濾片等附件。其熒光光源多為超高壓汞燈，能發出各種波長的光，且每種熒光物質都會有一個產生zui強熒光的激發光波長，這時需要加激發濾片，通常有紫外、紫色、藍色及綠色激發片，僅需使一定波長的激發光透過比照射到標本上并將其他光都吸收掉。在每種物質被激發光照射后，更可在極短時間內發射出比照射波長更長的可見熒光。
值得注意的是，熒光一般具有專一性，通常比激發光弱，在使用熒光顯微鏡時，為了能觀察到效果更好的熒光，應在物鏡后加阻斷或壓制濾光片。它有兩個作用，一是吸收或者阻斷激發光進入目鏡，避免干擾熒光的影響和對眼睛的傷害。第二可以選擇且使特異的熒光透過，更能夠表現出專一的熒光色彩。我們使用時熒光兩種濾光片配合使用。
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