無菌室在消毒處理后，無菌試驗前及操作過程中需檢查空氣中菌落數，以此來判斷無菌室是否達到規定的潔凈度，常有沉降菌和浮游菌測定方法。
(1)沉降菌檢測方法及標準：
以無菌方式將3個營養瓊脂平板帶入無菌操作室，在操作區臺面左、中、右各放1個;打開平板蓋，在空氣中暴露30min后將平板蓋好，置36℃士1℃培養48h，取出檢查，3個平板上生長的菌落數平均小于1個。
(2)浮游菌檢測方法及標準：
用專門的采樣器，宜采用撞擊法機制的采樣器，一般采用狹縫式或離心式采樣器，并配有流量計和定時器，嚴格按儀器說明書的要求操作并定時校檢，采樣器和培養皿進入被測房間前先用消毒房間的消毒劑滅菌，使用的培養基為營養瓊脂培養基或藥典認可的其他培養基。使用時，先開動真空泵抽氣，時間不少于5min，調節流量、轉盤、轉速。關閉真空泵，放入培養皿，蓋上采樣器蓋子后調節縫隙高度。置采樣口采樣點后，依次開啟采樣器、真空泵，轉動定時器，根據采樣量設定采樣時間。
全部采樣結束后，將培養皿置36℃士1℃培養48h，取出檢查，浮游菌落數平均不得過5個/m3。每批培養基應選定3只培養皿做對照培養。
無菌操作臺面或凈工作臺還應定期檢測其懸浮粒子，應達到100級(一般用塵埃粒子計數儀)檢測，并根據無菌狀況必要時置換過濾器。
定期進行潔凈度再驗證：
定期(每季度、半年、1年)或當無菌室設施發生重大改變時，要按國家標準GB/T16292-16294-1996《藥工業無菌室(區)懸浮粒子、浮游菌和沉降菌的測試方法》進行潔凈度再驗證，以確保潔凈度符合規定，保存驗證原始記錄，定期歸檔保存，并將驗證結果記錄在無菌室使用登記冊上，作為實驗環境原始依據及趨勢分析資料。并定期對無菌室的環境檢測數據進行趨勢分析和評估，根據評估結果，了解無菌室設施環境質量的穩定狀況及變化趨勢，決定是否有必要修訂相應的警戒和糾偏限度。
定期更換新的紫外燈管、更換凈化系統的初效、中效、頭：
定期(至少每年1次)更換新的紫外燈管，以確保紫外燈管滅菌持續有效。并同時在使用登記本上做好更換記錄，定期歸檔保存。至少2年1次，或按無菌室驗證實際情況，定期更換初效、中效、頭。以確保凈化系統的功能持續有效，并同時在使用登記本上做好更換記錄，定期歸檔保存。
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