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實驗過程的zui后步驟是以合成每一個結合性或定位性的多肽來作為熒光標記多肽[典型的熒光素或若丹明（rhodamine）]，然后在靜脈注射后測定其生物分布的。熒光標記也使得多肽能在隨后的沒有任何修飾的受體分離中被使用：可以使用熒光多肽在基于細胞的表達性克隆系統(tǒng)中分類受體陽性的細胞，并且也可以通過高親和性的鼠抗熒光素單抗體的使用把熒光多肽直接固定到固體基質上。
在有偶合劑（coupling reagent）HATU（Sigma）和DMF（Sigma）的情況下，加入異硫氰酸熒光素I （fluorescein isothiocyanate isomer 1） （Sigma）或若丹明B（Sigma），我們以此作為多肽固相合成的zui后一步，以N端標記了異硫氰酸熒光素（FITC）或若丹明的偶聯(lián)體的形式合成篩選出多肽。
我們通常用100ul的lmmol/L多肽PBS溶液注射一只鼠；然而*濃度必須要經驗性地測定。例如，lmmol/L1000Da的多肽溶液是lmg/ml，而注射lOOul此溶液是總共100ug或lOOnmol的多肽。每只鼠大約有2ml的循環(huán)血液，因此得到的多肽濃度是100nmol/2m1或50umol/L，在這些多肽預期的親和性常數(shù)范圍之內。
對這些實驗的對照多肽是熒光標記的點突變多肽或一個多肽的失真譯本。可替代地，一個合適的對照是一段FITC或若丹明標記的NSSSVDK多肽：通過非重組T7Select415噬菌體展示的序列。
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