花菁這類染料的分子內部含有由甲川基(CH)n組成的共軛鏈，n可為奇數或偶數。共軛鏈兩端或鏈中間連有雜環、芳環化合物、環烯化合物等與共軛鏈組成一個大的共軛體系，分子內部的氫可被一定數目的基。

由于其結構，花菁具有的消光系數。不同的基可控制發色團的性質，例如吸收波長，光穩定性和熒光等。吸光度和熒光波長可通過選擇聚次甲基橋的長度來控制：長的花菁素具有較的吸光度和發射波長，直至近紅外區域。

一、CY花菁染料分類：
花菁染料有兩種：非磺化花菁和磺化花菁。在許多應用中，它們是可互換的，因為它們的光譜特性幾乎相同。磺化和非磺化染料均可用于標記生物分子，例如DNA和蛋白質。染料之間的區別在于它們的溶解度：硫化染料是水溶性的，并且它們在水性中不使用有機助溶劑進行標記。它們不易在水中聚集。在某些情況下，需要使用一型的花菁。

1.非磺化花菁：包括Cy3，Cy3.5，Cy5，Cy5.5，Cy7和Cy7.5。

CY3/CY3.5/CY5/CY5.5/CY7.5
菁染料是近紅外熒光染料中的一類熒光染料，統的可見光染料相比有的。由于和組織的自發熒光在近紅外波段小，因此在檢測復雜生物時，近紅外染料能提供的特異性和靈敏度。同時，由于光波在近紅外區段的組織透過性好。菁染料的摩爾吸光系數在熒光染料中是不錯的，Cy7 NHS ester,Cy5.5 amine和Cy3 azide的吸收在近紅外區背景低，是熒光度 、 穩定的長波長染料。特別適合于活體小體內成像代替放射性元素。

2.磺化花菁：
磺化花菁包括進染料分子在水相中溶解的其他磺基。帶電的磺酸鹽基團減少了染料分子和重度標記的結合物的聚集。當前可用的磺化花菁包括磺基-Cy3，磺基-Cy5和磺基-Cy7。

二、CY花菁染料的：
1：菁染料的摩爾吸光系數在熒光染料中是的
2：和組織的自發熒光在近紅外波段小
3：的特異性和靈敏度
4：光波在近紅外區段的組織透過性好
5：染料小 可用于標記抗體 蛋白 。
因此CY花菁染料是適合做小鼠活體成像的熒光染料
 
三、CY花菁染料的缺點：
1：菁染料的熒光量子效率相比其他染料較低，一般是0.1-0.2
2：多川結構的菁染料容易發生聚集
 
四、CY花菁染料的特點：
目前市面上的菁染料比較，主要是因為菁染料,尤其是不對稱菁染料的副反應多,副產物性相近,產物的分離提純相當困難。菁染料特別是水溶性菁染料分子性大,分離提純加困難，因此帶磺酸根的水溶花菁染料比脂溶貴一些。瑞禧生物科技有限公司提供的CY染料活性基團的脂溶的一律2050/10MG的水溶的基團的一律2850/10MG

 
以上資料來自小編（YQ2021.1）