在使用翻轉式萃取器時，要明確萃劑原液互不溶,質溶程度不相同，萃取劑和溶液中的溶劑要互不相溶,溶質在萃取劑和原溶劑中的溶解度要不相同，充分振蕩再靜置：意思是說在萃取過程中要充分震蕩,使萃取充分,然后靜置使溶液分層.如果萃取過程中有氣體壓強變化,要邊放氣,邊震蕩。
使翻轉式萃取器處于良好的工作狀態，在轉速范圍內中速使用，正確的使用和注意儀器的保養，可延長儀器的使用壽命；儀器在連續工作期間，每三個月應做一次定期檢查：檢查是否有水滴、污物等落入電機和控制元件上；檢查水箱內的水質及清潔程度；檢查保險絲、控制元件及緊固螺釘，儀器在連續工作期間，每六個月應加注一次潤滑脂，填充量約占軸承之間的三分之一。
在選擇時要選系數大的，可使產品的純度提高，對溶質的溶解度要大，即萃取劑用量就少，與原溶劑的互溶度要小，即分離效果好。粘度要少，界面張力適度，對料液有較大的密度差，以方便操作。化學性質穩定，無毒性，揮發度低，不易燃燒。價廉易得，或易于回收。樣品應干燥后研細，裝樣品的濾紙筒一定要緊密，不能往外漏樣品，否則重做，放入濾紙筒的高度不能超過回流彎管，否則不易穿透樣品，脂肪不能全部提出，造成誤差。碰到含多量糖及糊精的樣品，要先以冷水處理，等其干燥后聯通濾紙一起放入提取器內。提取時水浴溫度不能過高，一般使剛開始沸騰即可。回流速度以每8-12次時為宜。如含有水分則可能將樣品中的糖以及無機物抽出，造成誤差。用于樣品測定脂肪，可按下式計算原來樣品脂肪的含量。
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