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滬鼎教您如何拯救危在旦夕的犀牛
閱讀：825 發布時間：2018-7-30 清晨的陽光是寧靜淡雅的，沒有那種喧鬧氣息，讓人感到心平氣和、心曠神怡，我就感受到過那種意境。您有這種感覺嗎？
滬鼎報道：犀牛是一種體型龐大的動物，在動物園中經常可以看見。不過，也許你還不知道，由于犀牛角貿易引發的盜獵活動，以及棲息地的嚴重破壞，所有犀牛都面臨著滅絕的危險。目前，研究人員正在完成犀牛基因組的組裝，以解讀犀牛的進化關系和生物學，希望能拯救這些瀕危的動物。
在近日召開的動植物基因組大會上，自然歷史博物館介紹了他們為三個犀牛物種建立參考基因組的工作，這三個物種分別是黑犀牛（Diceros bicornis）、蘇門答臘犀牛（Dicerorhinus sumatrensis）和已滅絕的披毛犀（Coelodonta antiquitatis）。
據介紹，目前犀牛科還有五個種的活犀牛，大約起源于3000萬至4000萬年前。這些犀牛正在頻臨滅絕，例如，北非白犀牛現在只有三頭，全部被圈養。南方白犀牛則由于大量的保護工作而有所改善。
在黑犀牛測序項目中，研究者利用Illumina HiSeq X和HiSeq 2500測序系統了數據，并利用一些不同的策略進行de novo組裝。在不斷改善基因組后，他們計劃對另外20只黑犀牛的基因組進行重測序，以便了解黑犀牛的多樣性、局部適應等。
蘇門答臘犀牛因數量銳減也引起人們的關注，目前僅剩50-100頭。與其他團隊合作，Dalén的團隊利用HiSeq 2500系統對一只雄性的蘇門答臘犀牛的基因組DNA進行測序，并利用三種方法開展基因組組裝。
研究人員已經開始對犀牛基因組進行一些初步的群體分析。他們計劃對20頭蘇門答臘犀牛的基因組以及一些歷史樣本進行重測序，以便梳理遺傳變異的改變，為未來的保護工作提供信息。
此外，研究者還對28,500年前的披毛犀基因組進行了測序，平均覆蓋度大約為3倍。之前的研究表明，蘇門答臘犀牛是披毛犀的近親。研究人員認為，有披毛犀的基因組在手，他們應該能更好地了解滅絕的時間以及現有犀牛物種的分歧時間。
從所有犀牛物種中產生完整的基因組序列，是探索犀牛科的進化關系的先決條件。此外，提供參考基因組將讓未來的項目成為可能，他們有望開發出遺傳監測的標志物，評估群體基因組結構和局部適應。
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