三级片视频播放,精品三级片在线观看,A级性爱视频,欧美+日韩+国产+无码+小说,亲子伦XX XX熟女,秋霞最新午夜伦伦A片黑狐,韩国理伦片漂亮的保拇,一边吃奶一边做边爱完整版,欧美放荡性护士videos

翌圣生物科技（上海）股份有限公司

初級會員·13年

聯(lián)系電話

400-6111-883

您現(xiàn)在的位置： 首頁> 技術(shù)文章 > 單細胞測序，不是只有BD和10×Genomics
初級會員·13年
聯(lián)系人：
曹女士
電話：
400-6111-883
手機：
售后：
4006-111-883
傳真：
86-21-34615995
地址：
上海市浦東新區(qū)天雄路166弄1號3樓
網(wǎng)址：
www.yeasen.com

掃一掃訪問手機商鋪

單細胞測序，不是只有BD和10×Genomics

2021-8-27　　閱讀(559)

分享：
單細胞測序，不是只有BD和10×Genomics


單細胞測序技術(shù)指的是通過高通量測序技術(shù)（NGS，Next Generation Sequencing）分析每一個單個細胞的序列信息，從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。

為什么要做單細胞測序
單細胞測序發(fā)展的十余年，使得我們所認知的這個世界越來越精準。我們傳統(tǒng)的測序方法，是在組織水平或者說多細胞水平上進行的，最終得到的數(shù)據(jù)其實是從多個或者多類細胞中得到的平均值，但是無法明確細胞異質(zhì)性的信息。而單細胞測序，則能夠在更精細的單個細胞水平上獲得遺傳信息，從而揭示每個細胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài)，反映常規(guī)測序所無法得到的異質(zhì)性信息和稀有細胞的遺傳信息。因此也有人稱單細胞測序為NGS的“顯微鏡"。
圖1. 單細胞測序發(fā)展歷程

單細胞測序技術(shù)的難點
單細胞測序最大的局限性在于待測核酸的含量，如一個細胞里的DNA或RNA含量僅僅處在皮克 (picograms) 級水平，遠遠達不到現(xiàn)有建庫試劑盒的低投入量需求。因此，必須先對單細胞內(nèi)的微量核酸分子進行擴增，而且必須保證盡可能少地出現(xiàn)技術(shù)誤差，以便開展后續(xù)的測序及其它研究。其次高通量單細胞測序需要增加捕獲效率，提高靈敏度。除此之外，樣本處理過程中對于稀有樣本的獲取和難解離組織的細胞分離，也是很大的挑戰(zhàn)。

主要的幾種單細胞測序技術(shù)

◎ 基于微流控液滴的10× Genomics

10×genomics 公司的 Chromium 系統(tǒng)，利用微流控技術(shù)將細胞自動分配到 100,000到 1,000,000微反應(yīng)體系，每個微反應(yīng)體系含有一種特定的 barcode 序列；含有 barcode 信息的凝膠珠子（GEMs）首先與樣品和酶的混合物混合，然后與位于微流體「雙十字」連接中的油表面活性劑溶液結(jié)合；GEMs 流到儲液器中并進行收集。凝膠珠子溶解釋放 barcode 序列，開始對樣本進行標記；最后將每個液滴中含有 barcode 信息的產(chǎn)物混合，然后構(gòu)建標準測序文庫。
10×genomics的優(yōu)勢在于細胞通量高，建庫周期短，操作簡便，具有超高的捕獲效率。不足之處在于只能獲得3’端的轉(zhuǎn)錄本信息，且樣本要求高。
圖2. 10×genomics測序原理


◎ 基于微孔板的BD Rhapsody

BD Rhapsody 技術(shù)利用卡式芯片在磁性的寡核苷酸條形碼標記微球上實現(xiàn)單細胞捕獲和 mRNA 轉(zhuǎn)錄本的分子標簽，然后將這些微球合并到單個管中用于 cDNA 擴增和文庫構(gòu)建。可滿足 100~10,000 個細胞的自動分選、擴增及建庫。此外，該技術(shù)使用帶有寡核苷酸的高質(zhì)量抗體（Ab-oligos），這條寡核苷酸帶有抗體特異的條形碼，細胞在經(jīng)過 Ab-oligos 標記后，可在單細胞水平同時獲得轉(zhuǎn)錄組和蛋白表達。
相比于10×genomics，BD Rhapsody在捕獲效率和有效性上有一定優(yōu)勢。
徐3.jpg圖3. BD Rhapsody測序原理


◎ 基于PCR擴增的Smart-seq技術(shù)

Smart-Seq（Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript）是一項具里程碑意義的技術(shù)。細胞被裂解后，將RNA與包含oligo(dT)的引物雜交。然后添加幾個無模板的C核苷酸，生成第一條鏈。這種poly(C)垂懸只添加到全長轉(zhuǎn)錄本上。然后將寡核苷酸引物與poly(C)突出雜交，合成第二條鏈。全長cDNA經(jīng)過PCR擴增，以獲得納克級的DNA。PCR產(chǎn)物純化后可用于測序。在后來又有學(xué)者對該技術(shù)進行改進，新方案使用鎖核酸（LNA）、更高濃度的MgCl2以及甜菜堿。它不再需要純化步驟，可大大提高產(chǎn)量。
Smart-seq相比較于10×genomics檢測到的轉(zhuǎn)錄本更多，但是不足在于測序reads無法實現(xiàn)鏈特異性，同時由于對聚腺苷酸化的RNA具有選擇性，因此不適用于分析非poly(A)的RNA。
徐4.jpg

圖4. Smart-seq測序原理

◎ 基于線性擴增的MARS-seq技術(shù)

通過 T7 啟動子連在 oligo dT 引物上，可以在 cDNA 合成后啟動 IVT（in vitro transcription ），MARS-seq 2.0 是在 MARS-seq 基礎(chǔ)上，整合 index 分選以及大量平行單細胞 RNA測序方法，從而形成的一套流程。
徐5.jpg圖5. MARS-seq測序原理

單細胞測序技術(shù)發(fā)展前景
2013年，單細胞測序技術(shù)被《Nature Methods》評為年度技術(shù)。同年，《Science》將單細胞測序列為年度值得關(guān)注的六大領(lǐng)域。同時隨著技術(shù)發(fā)展更新，單細胞測序技術(shù)由早期的高成本、低通量及低自動化發(fā)展到目前的低成本、高通量、高自動化，臨床應(yīng)用得到飛速發(fā)展，能夠快速確定成千上萬個細胞的精確基因表達模式，分析每個細胞的遺傳異質(zhì)性。單細胞測序技術(shù)發(fā)展至今僅10余年，在神經(jīng)生物學(xué)、腫瘤研究、產(chǎn)前基因診斷等多個領(lǐng)域發(fā)揮重要作用，早已成為科學(xué)研究領(lǐng)域當之無愧的焦點。



參考文獻


<下拉查看>

【1】. Ziegenhain C, Vieth B, Parekh S, et al. Comparative analysis of single-cell RNA sequencing methods[J]. Molecular cell, 2017, 65(4): 631-643. e4.

【2】.  Method of the Year 2013. [J]. Nat Methods ，2014，11：1.

【3】. The biology of genomes. Single-cell sequencing tackles basic and biomedical questions.[J] .Science, 2012, 336: 976-7.
【4】. Navin Nicholas E, Delineating cancer evolution with single-cell sequencing.[J] .Sci Transl Med, 2015, 7: 296fs29.
【5】. Svensson Valentine,Vento-Tormo Roser,Teichmann Sarah A, Exponential scaling of single-cell RNA-seq in the past decade.[J] .Nat Protoc, 2018, 13: 599-604.
【6】. Picelli S, Faridani OR, Bj?rklund AK, Winberg G, Sagasser S, Sandberg R. Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2. Nat Protoc. 2014 Jan;9(1):171-81. doi: 10.1038/nprot.2014.006. Epub 2014 Jan 2. PMID: 24385147.
【7】. Keren-Shaul H, Kenigsberg E, Jaitin DA, David E, Paul F, Tanay A, Amit I. MARS-seq2.0: an experimental and analytical pipeline for indexed sorting combined with single-cell RNA sequencing. Nat Protoc. 2019 Jun;14(6):1841-1862. doi: 10.1038/s41596-019-0164-4. Epub 2019 May 17. PMID: 31101904.




往期·推薦


一文讀懂，讓DNA甲基化觸手可得！

干貨分享|助力蛋白質(zhì)DNA互作研究，從ChIP-seq到cut&tag的進階之路

 



會員登錄

×

請輸入賬號

請輸入密碼

=

請輸驗證碼

收藏該商鋪

X
該信息已收藏！
標簽：
保存成功

(空格分隔,最多3個,單個標簽最多10個字符)

常用：

提示

X
您的留言已提交成功！我們將在第一時間回復(fù)您~
產(chǎn)品對比 二維碼

掃一掃訪問手機商鋪

對比框

在線留言
主站蜘蛛池模板： 安庆市| 新安县| 囊谦县| 渝北区| 吴旗县| 雷山县| 禄劝| 漳浦县| 定远县| 顺昌县| 嫩江县| 和田市| 纳雍县| 乾安县| 大城县| 延津县| 鹿泉市| 仁怀市| 山东省| 三河市| 衡东县| 扎囊县| 康乐县| 方山县| 宿迁市| 湘潭市| 仪征市| 鸡西市| 紫阳县| 奇台县| 韶关市| 成武县| 新巴尔虎左旗| 吴堡县| 商丘市| 绥化市| 溧水县| 湘潭市| 蛟河市| 博罗县| 高密市|