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產(chǎn)品升級 | 新一代FFPE DNA提取試劑盒助力提高突變檢出率

2023-12-26  閱讀(280)

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FFPE樣本-腫瘤病理研究和分子診斷的金標準!


FFPE(Formalin-fixed,paraffin-embedding),一般指人類或者動植物組織樣本經(jīng)福爾馬林(目前應用最為廣泛的固定劑為10%中性福爾馬林)固定,石蠟包埋形成的切片或石蠟塊。這種方式是目前長期保存病理樣本的標準化方法。


福爾馬林固定、石蠟包埋 (FFPE) 組織切片代表了珍貴的生物醫(yī)學研究材料。FFPE樣本堪稱為病理科的“瑰寶",它們承載著眾多的疾病信息。

 

圖1.FFPE樣本

 

 

 

FFPE樣本的制備

 

 

 

 

FFPE樣本提取難點

 

 

翌圣生物通過不斷地打磨,將FFPE樣本DNA提取的性能全面升級,采用的磁珠和精心優(yōu)化的緩沖體系,面對不同降解程度的FFPE DNA片段,可最大限度的分離純化高純度DNA,同時可適配自動化提取儀,讓提取如此簡單!

 

 

 

產(chǎn)品介紹

 

MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit (Cat#18375ES)適用于福爾馬林固定、石蠟包埋的組織中提取 DNA,可配合翌圣3種不同通量的自動化提取儀Auto-Pure32A/AP-48/AP-96,實現(xiàn)核酸的高通量提取。

 

圖2:FFPE DNA的提取流程

 

 

 

產(chǎn)品優(yōu)勢

 
  • 提取得率高:提取的基因組完整性好、純度高,質(zhì)量穩(wěn)定可靠;

  • 儀器適配性強:適用于市售各種全自動核酸提取儀進行高通量提取;

  • 安全無毒:使用環(huán)保型脫蠟液,較之二甲苯更安全、快速;

  • 適合微量樣本DNA提取:可提取低至1片5μm的卷片。

 

 

 

產(chǎn)品性能

 
01

評估提取的DNA得率、純度、大片段占比

 
 

不同類型的FFPE樣本,包括小鼠心臟FFPE樣本、肝臟FFPE樣本、頸部軟組織FFPE樣本、甲狀腺FFPE樣本、肺部FFPE樣本,樣本的切片厚度為5μm,一次提取2卷;分別采用18375ES、競品1和競品2提取,每組3個重復;其中18375ES搭配翌圣AP-96自動化提取儀,提取的DNA用Qubit定量濃度,Nanodrop定量純度,Qsep100評估大片段的占比。如圖3-圖5所示,18375ES提取的DNA得率、純度、大片段占比都顯著優(yōu)于競品1和競品2

 

圖3.不同F(xiàn)FPE樣本提取的 DNA得率

 

圖4.不同F(xiàn)FPE樣本提取的 DNA純度(260/280)

 

圖5.不同F(xiàn)FPE樣本提取的 DNA大片段占比

 

02

標準品(蠟卷)提取的DNA突變檢出率

 
 

采用標準品蠟卷(菁良)分別用18375ES、競品1和競品2提取DNA,DNA中含有5% EGFR T790M突變和5% EGFR L858R突變,各取200ng進行酶切法DNA建庫(Cat#12195ES)和雜交捕獲,三種試劑盒提取的DNA雜交捕獲后的數(shù)據(jù)質(zhì)量和突變位點檢出率如圖6所示,18375ES和競品提取的DNA文庫數(shù)據(jù)質(zhì)量相當,突變檢出率均在5%左右。

 

 

圖6.不同F(xiàn)FPE樣本提取的 DNA文庫數(shù)據(jù)質(zhì)量和突變位點檢出率

 

 

 

訂購信息

 

 

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

產(chǎn)品規(guī)格

MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit

磁珠法石蠟包埋組織DNA提取試劑盒(瓶裝)V2

18375ES50

50 T

 

 

 

磁珠法核酸提取相關產(chǎn)品

 

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品應用

產(chǎn)品編號

MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit 

磁珠法石蠟包埋組織DNA提取

18371ES

MolPure® Magnetic Circulating Cell-Free DNA Kit

血漿、血清游離DNA提取

18382ES

MolPure® Magnetic Swab Viral DNA/RNA Kit

拭子樣本病毒DNA/RNA提取

18300ES

MolPure® Magnetic Tissue/Cell Total RNA Kit

磁珠法組織/細胞總RNA提取

18600ES

MolPure® Magnetic M4P1 Blood DNA Kit

磁珠法血液DNA提取

18504ES

MolPure® Mag Soil/Stool DNA Kit

磁珠法土壤/糞便DNA提取

18526ES

MolPure® Mag48 SoilStool DNA Kit FA

磁珠法土壤/糞便DNA提取(預封裝)

18528ES



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