影響生物濾池處理效果的因素主要包括：①生物膜的生長;②污水的性質;③氧;④溫度;⑤pH和毒物。
①生物膜中的微生物利用污水中的有機物及營養物質，通過同化作用，合成新的細胞，使膜不斷生長。對缺乏營養的工業廢水系統，為了使膜（RO反滲透膜）生長良好，需外加營養，其扮加量與活性污泥系統相類似。厚度薄的生物膜，耗氧速率高、活性強。生長過厚的膜，大部分處于厭氧環境下，有機物分解速率慢，分解代謝產物仍為有機酸、醇等低分子有機化合物，同時還有臭氣，脫落后有可能造成局部堵塞，影響通氣及處理效果。
②由于污水同生物膜接觸時間極短，生物濾池一般適宜于處理分子量小的或較易生物降解的有機廢水，對難降解的有機廢水，可以增加濾池的級數，或在工藝中采取出水回流等措施。
③生物膜中的氧從填料間隙之間的空氣中獲得。生物膜的耗氧則受BOD負荷、生物的數量、溫度等的影響。為了提高濾池的效果，須注意改進填料的形狀，使之既具有一定的強度，又具有盡可能大的空隙率。必要時可采用強制通風。
④同活性污泥系統相似，生物濾池生化反應速率也受溫度的影響，在微生物適宜的溫度范圍內，溫度降低，生物的活性和耗氧速率也降低。由于濾池采用自然通風充氧，受氣溫影響較大，溫度系數為 1.02~1. 14，故冬季處理效果極差。
⑤同活性污泥法相比，濾池可抗沖擊負荷和有較強的緩沖能力;同時膜具有一定的厚度及生物成層分布，在受沖擊后恢復亦較快;但有一定的限度。污水pH合適范圍為5.5-9.0，以6.5-8.5較佳。pH（PH控制器）的急劇變化與毒物的沖擊都可使生物膜大片死亡、脫落，引起濾池阻塞和處理效果急劇下降。
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