膜元件的清洗包括水力沖洗與化學清洗兩大分支，每一分支又可分為正洗與反洗兩種工藝，超濾膜清洗過程中還可采用加壓氣氣洗。全量運行方式下超濾系統的頻繁正反沖洗是*的，而復合反滲透膜系統則不允許反沖洗。
所謂水力沖洗是停止系統的產水過程，以較低壓力與較大流量對膜表面(正洗)及膜孔(反洗)形成高速徑流，以消除濃差極化層，破壞尚未牢固的各類垢層。膜的三大類污染及濃差極化現象均存在一個累積過程。膜系統在正常運行過程中，定時執行水力沖洗工藝，對于減弱與緩解膜污染起著重要的作用。對預處理工藝相對薄弱的中小型系統，水力沖洗的效果尤為明顯。水力沖洗工藝中還存在沖洗的頻率、時間、壓力、流量等沖洗工藝參數。
沖洗工藝中，正沖的工藝簡單、沖洗效果較差；反沖的工藝復雜、沖洗效果較好。正沖洗時流量是主要參數，而反沖洗時壓力是主要參數。水力正沖用水即是系統給水水源，而反沖用水只能是系統產水。錯流方式下的沖洗水可以回用，而全量方式下的沖洗水一般排放。
沖洗的時間與沖洗效果直接影響著系統的工作效率，而決定沖洗頻率的主要是系統給水水質、系統運行方式及系統運行參數等因素。
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