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在實際使用過程中，部分蒸汽滅菌器在結構及上存在一定缺陷，考慮適應多種運行情況和相關標準要求，在對高溫蒸汽滅菌器進行挑選時，要注意以下幾點，具體如下：
(1) 滅菌器密封門結構
高溫蒸汽滅菌器密封門的開啟和關閉，需要操作人員手動操作門把手完成。由于滅菌后，滅菌器密封門開啟后會有少量蒸汽存在(并帶有一定臭味)，手工開關存在安全隱患。因此，由PLC 控制的滅菌器密封門開關液壓驅動機構是有必要考慮的，它可以使滅菌器門的開啟和關閉與高溫蒸汽滅菌器蒸汽滅菌自動完成，節省了人力和時間，同時避免了與蒸汽接觸。
(2)蒸汽分布管路
蒸汽進入滅菌器腔體后，會遇到一塊擋板阻止蒸汽直接噴下，而向兩邊流動。如下圖 所示。蒸汽擋板雖然有一定的蒸汽分流作用，但是作用不是很大，因此配備有蒸汽管路，并沿腔體頂部分支，在管路分支下半部開小孔，使蒸汽沿小孔噴出，能夠使蒸汽更快速均勻的到達滅菌器各部分。
(3)滅菌密封門數量
如果滅菌器在前端開門，滅菌內車只能從前端進出，這樣有菌操作和無菌操作在同一端。但是如果將滅菌器兩端各設置一個門，滅菌內車由一端進入，滅菌處理后，滅菌內車由另一門拖出，不但可以有效的將有菌區和無菌區分開，而且更有利于設備的布置。
(4)滅菌器腔體材料
由于蒸汽滅菌操作的間斷性，每次蒸汽滅菌循環結束后，滅菌器腔體底部表面，都會有殘存的少量冷凝水存在，空氣的進入，會使碳鋼腔體表面腐蝕生銹。這些鐵銹，可能進入滅菌器門密封圈與腔體夾縫內，過多積累，會造成密封失效，影響抽真空效果，加長抽真空和滅菌時間。因此，高溫蒸汽滅菌器腔體宜采用不銹鋼。
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