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當前，實驗室超純水機系統主要應用于下面兩個領域：
1、 生命科學的應用范疇
生命科學的應用范疇主要有：細菌、細胞培養，臨床生物化學方面，電泳，電生理學，酶聯免疫吸附分析，內毒素分析，組織學，水栽培，細胞免疫化學，哺乳動物細胞培養，介質制備，微生物分析，分子生物學，單克隆抗體研究，植物組織培養，放射性免疫分析等用水。
2、分析以及常規應用范疇
分析和常規應用范疇用水主要有：蒸餾水器用水，蒸汽發生器，玻璃器皿，樣本稀釋和試劑制備，超純水系統供水，固相萃取，普通化學，電化學，分光光度計，TOC分析，水質分析，離子色譜，火焰法原子吸收（Flame-AAS），石墨爐原子吸收（GF-AAS），高效液相色譜（HPLC），液質聯用（HPLC-MS），電耦合等離子光譜儀（ICP-AES），等離子質譜（ICP-MS），痕量金屬檢測，氣質聯用（GC-MS）等用水。
而對水的純度要求很高的幾個主要應用：電泳、內毒素分析、石磨爐原子吸收光譜、、電感耦合等離子光譜儀、等離子質譜、、質譜分析、痕量金屬檢測，現在越來越多的應用開始要求使用純度高的超純水。
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