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高效液相色譜儀液相系統干擾峰第二個方面是離子對、螯合劑這種難以洗脫的試劑對液相系統的污染。此類污染物多半是由于使用完畢含有離子對、螯合劑之類的流動相后，對系統的沖洗不*所致。此類污染物主要對一些采集波長較低的方法產生干擾，普遍表現是基線噪音大或者干擾峰，但隨著方法的運行會逐漸趨于正常。
高效液相色譜儀液相系統第三個方面是高效液相色譜儀系統滋生細菌。對于系統滋生細菌，多數讀者可能覺得不可思議，因為液相系統使用完畢都會用有機相沖洗保存。目前很多方法流動相A都是水相，雖然水相每日都會新配制，但如果由濾頭到比例閥這一段管路長時間在水相中就會滋生細菌。高效液相色譜儀隨著時間的運行，梯度洗脫中會逐漸的產生干擾峰。此類問題雖然比較隱蔽，但比較容易解決，只要每日對放置純水相的通道用有機相沖洗即可避免此類問題。
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