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色譜柱的保存色譜柱填充料的不同，其保存方法也各異。一般而言，大多數陰離子分離柱在堿性條件下保存，陽離子分離柱在酸性條件下保存。需長時間保存時（30天以上），先按要求向柱內泵入保存液，然后將柱子從儀器上取下，用無孔接頭將柱子兩端堵死后放在低溫處保存。短時間不用，每周應至少開機一次，讓儀器運行1-2h。
色譜柱的清洗清洗色譜柱注意事項：清洗前，應將分離柱與系統分離，讓廢液直接排出。另外，每次清洗后應用去離子水沖洗10min以上，再用淋洗液平衡系統。清洗時的流速不宜過快，在1ml/min以下。
無機離子的玷污離子半徑較大的無機離子與交換基團結合，影響正常的交換分離。首先應考慮用組分相同且濃10倍的淋洗液清洗色譜柱。清洗陰離子分離柱上的金屬離子（如Fe3+）使用0.1mol/L草酸。清洗陽離子分離柱上的某些金屬（如Al3+）可使用1-3mol/L HCl。
有機物玷污清洗色譜柱內的有機物常用甲醇或乙腈，但對帶有羧基的陽離子分離柱需要避免使用甲醇。低交聯度的離子交換樹脂填充的色譜柱（交聯度小于5%）清洗液中有機溶劑的濃度不宜超過5%。
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