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一、預真空式高壓滅菌器
預真空式高壓滅菌器可以在蒸汽進入前使空氣從滅菌器排出（通過一個裝有HEPA過濾器的排氣閥排出，以實現生物安全）。在滅菌結束時，蒸汽自動排出。這種高壓滅菌可以在134℃下進行，因此可以縮短滅菌周期，節約滅菌時間。
二、下排氣式高壓滅菌器
蒸汽在壓力作用下進入滅菌器，由上而下置換較重的空氣，并通過滅菌器的排氣閥（裝有HEPA過濾器）排出。
三、雙扉高壓滅菌器
既可以是下排氣式，也可以是預真空式，其特點是高壓滅菌器有兩道門，通常一側處于相對污染區，另一側處于相對清潔區。雙峰高壓滅菌器既是污染物品的消毒工具，也可以作為物品的傳遞通道。
四、可移動式高壓滅菌器
一般用于實驗室內的現場消毒，可分為立式、臥式、臺式等多種類型。應根據實驗工作產生待污染物品的特點，選擇適當大小和型號的滅菌器。推薦使用不排蒸汽的可移動式高壓滅菌器。
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