1、純水系統成本： 及時更換低成本的預處理柱是降低使用成本的有效方法。對于超純水系統而言，可以通過定期的校驗系統內置的電阻率監測器，保證電阻率的讀數正確，并根據電阻率監測器的數據和超純化柱的使用時間（通常不超過2年）來決定是否更換超純化柱。
2、純水系統水源： 純水系統（反滲透系統或蒸餾水系統）應使用普通城市自來水作為供水。因為自來水在供水過程中存在二次污染或者自來水水源受到嚴重污染，可以導致用戶管道的供水水質極度下降，為有效的避免這些污染對純水系統的關鍵元件造成不可修復的損壞，需要根據用戶的管道供水水質選擇適當的預過濾保護裝置。裝置的主要凈化功能包括：降低余氯含量，降低污泥指數，降低水硬度（令LSI為負值）
此裝置也可以有效地降低用戶的純水系統使用成本。用戶需要及時更換預過濾保護裝置的過濾元件，確保裝置的有效性。
3、純水系統取水：
純水系統取水時，應注意防止被二次污染。特別是超純水系統地產水極易被污染，所以，取用超純水時，要做到即取即用，防止儲存。
4、純水系統電源：
反滲透純水系統要安裝在電源穩定的場所。若電源不穩定，有可能對系統功能造成不好影響，嚴重時會燒毀系統主板。
5、純水系統場地：
超純水系統要安裝在盡量潔凈的實驗室，以保證其超純水產水不被二次污染。純水系統的安裝場地要適當接近上、下水管道，并且要保持安裝點的干燥、通風，沒有陽光直接照射的環境。
純水系統的維護：
純水系統在平常使用時，要盡量持續使用，以保持電源和水源的正常供應。但是，由于特殊原因純水系統不得不長時間停止使用時，可以參考以下方法：
1、用戶應按照廠家工程師和純水系統本身的提示定期更換純化柱，并注意系統的報警提示隨時和廠家工程師取得。
2、若由于實驗室裝修或長時間放假，使純水、超純水系統一定要停用時，停用期在1星期至10天內，且電源及水源不受影響，就可以讓系統保持運作狀態，就可繼續取得安全可靠的純化水質。如果是進行水管工程，則系統勿必要*停止。此時要關閉純水系統的供水開關及電源，并拆卸與供應水之間的連接。而水箱中的純水，因為長期靜置將造成水質的劣化，要*排掉。
3、停用期結束后，若再度使用系統時要注意，尤其是水管工程修復后，因為新供給水中會混有許多的污染物質，因此，應先將供水來源的水打開，充分大量排水后使水質穩定，再打開與系統相連結的進水開關，來啟動系統。此一程序可以防止大量的污染物質流入系統之中。
4、若采取前述對策后系統仍不能正常的運作，有可能停用期間各種純化柱與濾膜受到阻塞所引起。所以應將有問題的部位更換部件即可。
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