液相色譜柱在使用過程中常見的問題有柱壓升高、峰拖尾變寬、分離效果下降等。一般情況下這些都是色譜柱使用時間過長引起的正常現象，只需對色譜柱進行清洗與再生便可解決。但是如果柱壓突然升高，則需要檢查色譜柱是否出現問題。可能的原因有以下幾點：
1.柱頭的過濾篩板被污染
解決方法：卸下柱頭螺絲，將過濾篩板取下，放置在30%左右的稀硝酸中，然后用超聲波清洗10分鐘。再將過濾篩板放入超純水，超聲清洗約10分鐘，之后將過濾篩板重新裝回色譜柱。
2.填料被污染
解決方法：
①卸下柱頭螺絲，將前端被污染的填料用小匙挖出，然后重新填入相同的填料。
②選擇合適的流動相，按色譜柱使用的方向沖洗，沖洗量須大于色譜柱體積的20倍，將污染物溶解并沖出色譜柱，然后，按照色譜柱標明的箭頭方向使用。
3.緩沖鹽溶液遇到純有機相析出鹽結晶，堵塞色譜柱
解決方法：先用沖洗色譜柱，將鹽晶體溶解并沖出色譜柱，然后換高濃度甲醇水溶液或其他有機溶劑作為流動相。
4.流動相的PH值偏差過大，造成固定相溶解或結構被破壞
解決方法：此時很難將色譜柱修復通常需要直接更換色譜柱。
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