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PCR完成后，建議將反應液于1000× g (大約4000 rpm) 離心1～3 min以沉淀血細胞碎片，之后取上清進行下游分析。該步驟可有效去除多種血液組分。當使用高濃度血液模板時此步尤為重要，因為經過PCR循環，反應管中會存在大量的血細胞碎片。這些碎片會干擾下游的檢測，如瓊脂糖電泳檢測。注意：由于血液本身的原因，PCR 結束后在 PCR 管的底部會出現透明凝膠狀物質，此為正常現象。
氣單胞菌通用PCR試劑盒常見問題與解決方法
在PCR結果分析時，不管是陽性結果或陰性結果，如果沒有對照反應，都不能確定結果是否可靠。為了便于后續實驗結果的分析，建議在進行PCR時，設置陽性和陰性PCR對照反應以便于排除假陽性或假陰性的干擾。
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