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qPCR檢測支原體方法略述

閱讀:1036      發布時間:2020-11-9
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和PCR比起來,qPCR不用跑膠,實時監測擴增狀況,操作更為便捷。下面以德國MB Venor®GeM支原體檢測試劑盒(qPCR一步法)Venor®GeM qOneStep)為例,略述檢測原理和過程。

 

   該試劑盒包括4管試劑,其中2管分別為緩沖液和PCR水,另2管為主要試劑。1管即mix,含引物、核苷酸、聚合酶、熒光素標記的探針和內部擴增對照。另1管為陽性對照,均為凍干粉。

 

它通過擴增高度保守的rRNA操縱子,或者更準確地說,擴增支原體基因組中的16S rRNA編碼區,可以特異性地檢測支原體。在520nm(FAMTM通道)檢測支原體特異性擴增片段。在610nm(HEXTM通道)檢測內部擴增對照的擴增。它能特異性檢測所有導致細胞污染的柔膜體物種。真核DNA不會被擴增。通過內部對照,可檢測PCR抑制劑的存在或不正確的DNA提取引起的假陰性結果。樣本為細胞培養上清液。檢測程序可在3小時內完成。

在檢測前,樣本需要一定的制備。具體是將100μl細胞培養上清液轉移至無菌的1.5 ml反應管中。關上蓋子扣緊。將樣品在95°C下孵育5分鐘。以大速度短暫離心樣品(15秒)以沉淀任何細胞碎片。然后可直接取2μl上清液進行qPCR。

 

qPCR反應體系一共是25ul,其中樣本2ul,其余是master mix。注意設置陽性對照、陰性對照(無模板對照)。

 

如果檢測的Ct<40,則表明PCR結果陽性。如果檢測的Ct≥40,則PCR反應結果為陰性。如果FAM陽性,則支原體陽性。如果FAM陰性,HEX也陰性,表明PCR擴增出了問題,需要重做。如果FAM陰性,HEX陽性,表明支原體確實陰性。

 

PCR擴增出了問題主要原因為PCR反應被抑制了,可能需要考慮做DNA抽提。

 

在qPCR反應中,引物和探針的設計尤為重要,它既需要覆蓋大多數支原體,又需要不與細菌和哺乳動物細胞DNA發生交叉反應。當然,Taq酶的性能也很重要,因為DNA的擴增終依賴于酶的活性和擴增的速度。從這個角度說,一個好的qPCR試劑盒是各個因素共同作用的結果。

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