蛋白酶k是一種枯草蛋白酶類的高活性蛋白酶，用于生物樣品中蛋白質的一般降解。從林伯氏白色念球菌中純化得到。該酶有兩個ca2+結合位點，它們離酶的活性中心有一定距離，與催化機理并無直接關系。然而，如果從該酶中除去ca2+，由于出現遠程的結構變化，催化活性將喪失80%左右，但其剩余活性通常已足以降解在一般情況下污染酸制品的蛋白質。所以，蛋白酶k消化過程中通常加入edta（以抑制依賴于mg2+的核酸酶的作用）。但是，如果要消化對蛋白酶k具有較強耐性的蛋白，如角蛋白一類，則可能需要使用含有1mmol/lca2+而不含edta的緩沖液。在消化完畢后、純化核酸前要加入EGTA（ph8.0）至終濃度為2mmol/l,以鰲合ca2+。
蛋白酶K，是一種切割活性較廣的絲氨酸蛋白酶。它切割脂族氨基酸和芳香族氨基酸的羧基端肽鍵。此酶經純化去除了RNA酶和DNA酶活性。由于蛋白酶K在尿素和SDS中穩定，還具有降解天然蛋白質的能力，因而它應用很廣泛，包括制備脈沖電泳的染色體DNA，蛋白質印跡以及去除DNA和RNA制備中的核酸酶。蛋白酶K的一般工作濃度是50—100μg/ml。在較廣的pH范圍內（pH4-12.5）均有活性。
值得注意的是，蛋白酶K在原位雜交技術中通常用于雜交前的處理,它具有消化包圍靶DNA蛋白質的作用,以增加探針與靶核酸結合的機會,提高雜交信號.但蛋白酶K的濃度過高、消化時間過長或孵育溫度過高時,都會對細胞的結構有一定的破壞,導致組織切片的脫落,細胞核的消失,從而影響雜交結果.EDTA緩沖液可以替代蛋白酶K的作用,解決上述出現的問題,并能達到理想的染色效果.
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