預染marker可提高特異性的識別能力。在做westen blot時，用惰性蛋白質或非離子去污劑封閉膜上的未結合位點可以降低抗體的非特異性結合。封閉劑應該封閉所有未結合位點而不替換膜上的靶蛋白、不結合靶蛋白的標委、也不與抗體或檢測試劑有交叉反應。zui常見的封閉劑是BSA、脫脂奶粉、酪蛋白、明膠和Tween-20(0.05 - 0.1%)稀溶液。
預染marker還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員購買預染蛋白標準。值得注意的是預染蛋白Marker與染料共價耦聯，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合定位蛋白——不過多數情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白*一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，zui后都需要Western來定性，所以如果不是要區分大小相近的條帶，預染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。
預染marker在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。預染蛋白分子量的出現方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率——比如，已知垂直電泳*分辨區域大約在膠的2/3處，如果使用預染Marker就可以預測目標蛋白進入*分辨區時停止電泳以得到*分辨效果;如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳;另外在Western Blot轉膜以后可以直接觀察蛋白轉膜是否*。
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