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高效液相色譜儀依據樣品在固定相和流動相分離過程的物理化學原理，可分為以下五種。

（1）吸附色譜： 用固體吸附劑作固定相，以不同極性溶劑作流動相，依據樣品中各組分在吸附劑上吸附性能的差別來實現分離。

（2）分配色譜： 用載帶在固相基體上的固定液作固定相，以不同極性溶質作流動相，依據樣品中各組分在固定液上分配性能的差別來實現分離。根據固定相和液體流動相相對極性的差別，又可分為正相分配色譜和反相分配色譜。當固定相的極性大于流動相的極性時，可稱為正相分配色譜或簡稱正相色譜；若固定相的極性小于流動相的極性時，可稱為反相分配色譜或簡稱反相色譜。

（3）離子色譜：用高效微粒離子交換劑作固定相，以具有一定 pH 值的緩沖溶液作流動相，依據離子型化合物中各離子組分與離子交換劑上表面帶電荷基團進行可逆性離子交換能力的差別而實現分離。

（4）體積排阻色譜： 用化學惰性的多孔性凝膠作固定相，按固定相對樣品中各組分分子體積排阻滯作用的差別來實現分離 。以水溶液作流動相的體積排阻色譜柱，稱為凝膠過濾色譜；以有機溶劑作流動相的體積排阻色譜法，稱為凝膠滲透色譜法。

（5）親和色譜：以在不同基體上，鍵合多種不同特性的配位體作固定相，用具有不同 pH 值的緩沖溶液作流動相，依據生物分子與基體上鍵聯的配位體之間存在特異性親和作用能力的差別，而實現對具有生物活性的生物分子的分離。