近些年來，XRM技術開始逐漸廣泛應用于土壤學和植物科學，研究土壤性質、土壤微生物對土壤性質的影響、植物根發育及其內部結構、內部養分運輸機制等等。而隨著發展的深入，目前XRM技術也開始被應用于植物地上結構的研究中。
實例一
木材內部多孔結構及木質部導管表征，Bruker Skyscan 1273, 7um.
木材內部多孔結構正交三視圖及局部放大表征
木材內部整體結構三維表征（左圖） 木材木質部導管三維分布表征（右圖）
實例二
土壤內部孔隙結構三維表征及定量分析，Bruker Skyscan1275，15um.
土壤樣品 （壓實），20mm x 20mm x 20mm（左圖） 土壤樣品整體三維結構（右圖）
內部孔隙（藍）結構三維分布（左圖） 內部孔隙結構的孔徑分布三維表征（右圖）
實例三
水稻根莖及內部維管束三維模型建立，Skyscan1272，4um（20%碘化銫溶液，8H）.
水稻根莖正交三視圖
水稻根莖整體形貌三維表征（左圖） 水稻根莖內維管束（紅）三維表征（右圖）
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