分子蒸餾在進行使用的過程中主要是適用于高分子量、耐溫性以及高沸點的蒸餾，在進行制作的過程中主要是由外加熱的垂直圓筒體，在進行操作時位于它的中心冷凝器以及蒸餾器和冷凝器之間旋轉的刮膜器組成。物料從蒸發器的頂部加入，經轉子上的料液分布器將其連續均勻地分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推進。在一定程度上會從加熱面上逸出的輕分子，在進行制作時會經過短的路線和幾乎沒有經過碰撞就到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于蒸發器底部的出料管排出；殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。
與常規蒸餾相比，分子蒸餾有如下*的特點:
（1）操作溫度低，可大大節省能耗常規蒸餾是依靠物料混合物中不同物質的沸點差進行分離的，而分子蒸餾是靠不同物質的分子運動平均自由程的差別來進行分離的，并不要求物料一定要達到沸騰狀態，只要分子從液相中揮發逸出，就可以實現分離。正因為分子蒸餾是在遠離沸點下進行操作，因此產品的能耗小。
（2）蒸餾壓強低，要求在高真空度下操作。分子運動平均自由程與系統壓力成反比，只有加大真空度，才能獲得足夠大的平均自由程。研究指出，分子蒸餾的真空度高達0.1-100Pa。
（3）受熱時間短，降低熱敏性物質的熱損傷。由于分子蒸餾是利用不同物質分子運動平均自由程的差別而實現分離的，其基本要求是加熱面與冷凝面的距離必須小于輕分子的運動平均自由程，這個距離通常很小，因此輕分子由液面逸出后幾乎未發生碰撞即射向冷凝面，所以受熱時間極短。
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