使用氣相色譜儀，氣體純度低會造成一定的不良影響
根據分析對象，色譜柱的類型，操作儀器的檔次和具體檢測器，若使用不合要求的低純度氣體，不良影響有以下幾種可能：
樣品失真或消失：如H2O氣使氯硅樣品水解；
色譜柱失效：H2O，CO2使分子篩柱失去活性，H2O氣使聚脂類固定液分解，O2使PEG固定液斷鏈。
有時某些氣體雜質和固定液相互作用而產生假峰；
對柱保留特性的影響：如H2O對聚乙二醇等親水性固定液的保留指數會有所增加，載氣中氧含量過高時，無論是極性或是非極性固定液柱的保留特性，都會產生變化，使用時間越長影響越大；
檢測器：TCD：信噪比減小，無法調零，線性變窄，文獻中的校正因子不能使用，氧含量過大，使元件在高溫時加速老化，減少壽命；FID：特別是在Dt≤1×10-11/S下操作時，CH4等有機雜質會使基流激增，噪聲加大不能進行微量分析；
在做程序升溫操作時，載氣中的某些雜質，在低溫時保留在色譜柱中，當柱溫升高時不但引起基線漂移，還可能在譜圖上出現比較寬的“假峰”。
毛細管色譜柱技術建議使用高純氣源，如PEG-20M毛細柱載氣氮氣氣源選擇高純氮氣瓶（氧含量低），避免使用氮氣發生器（尤其純度不高的，氧含量*），易損壞毛細柱，由于氧化造成柱子液膜損壞。
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