根據被分離組分和固定液分子間的相互作用關系，色譜柱固定液的選擇一般根據所謂的“相似性原則”。即固定液的性質與被分離組分之間的某些相似性，如官能團、化學鍵、極性、某些化學性質等，性質相似時，兩種分子間的作用力就強，被分離組分在固定液中的溶解度就大，分配系數大，因而保留時間就長;反之溶解度小，分配系數小，因而能很快流出色譜柱。
一般分為以下幾種情況，
1、分離極性化合物，采用極性固定液
這時樣品各組分與固定液分子間作用力主要是定向力和誘導力，各組分出峰次序按極性順序，極性小的先出峰，極性越大，出峰越慢。
2、分離非極性化合物，應用非極性固定液
樣品各組分與固定液分子間作用力是色散力，沒有特殊選擇性，這時各組分按沸點順序出峰，沸點低的先出峰。對于沸點相近的異構物的分離，效率很低。
3、分離非極性和極性化合物的混合物時，
可用極性固定液，這時非極性組分先餾出，固定液極性越強，非極性組分越易流出。
4、對于能形成氫鍵的樣品。
如醇、酚、胺和水的分離，一般選擇極性或氫鍵型的固定液，這時依組分和固定液分子間形成氫鍵能力大小進行分離。
“相似相容性原則”是選擇固定液的一般原則。
有時利用現有的固定液不能達到滿意的分離結果時，往往采用“混合固定液”，應用兩種或兩種以上性質各不相同的，按適合比例混合的固定液，使色譜柱分離有比較滿意的選擇性，又不致使分析時間延長。
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