很多用戶對氣相色譜直接進水樣存在顧慮，這種顧慮是不無道理的。對于氣相色譜，水分的影響主要體現在四個方面：
1、水的汽化膨脹系數比較大，進樣時容易導致襯管超載，直接影響峰面積重現性；這個問題還會污染襯管上方氣路，影響后面的實驗。
2、水的表面能很大，而大部分的毛細管柱固定相的表面能低，導致水的潤濕性能很差，嚴重影響峰形
3、很多檢測器是怕水的，如ECD、MSD和NPD。大量水蒸氣的進入會導致這些檢測器的性能下降，水進樣量較大時還容易使FID火焰熄滅。
4、鹽類和很多不揮發性物質易溶于水，隨水樣進入而污染氣相系統
鑒于以上潛在問題，氣相色譜應盡量避免采用水作為進樣溶劑。如果不得已進水樣，請參考下面幾點建議：
1：確保所用的檢測器是不怕水的
2：選擇不怕水的柱子，交聯鍵合技術的色譜柱通常可以進水樣。
3：建議使用大體積的襯管和小的進樣量來避免襯管超載
初始柱溫建議大于100℃。適當加長分析后對柱子的高溫烘烤時間。
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