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目前有很多保藏方法可以適用于真菌的保藏，但大體來可以分為三類：一是讓真菌連續生長的保藏工藝[2]。這一類的保藏工藝的特點是不斷的將菌株移植在新鮮的培養基上，并在合適的條件下生長，隨后置于一個低溫的環境中，一般是4-10℃，這類保藏工藝主要包括斜面移植、油管保藏和蒸餾水保藏法等。二是利用干燥環境保藏菌株的休眠體，如分生孢子、厚垣孢子等，干燥選用的基質可以是空氣、硅膠、土壤、沙子等。三是利用抑制菌株代謝活性的辦法達到長期保藏，一般是通過脫水降低細胞內水分或低溫冷凍，在此過程中關鍵環節是避免和降低冰晶對細胞造成的傷害，這類保藏工藝包括冷凍干燥法、低溫凍結和液氮保藏法等。Ryan和Smith對各種保藏方法進行了優劣比較