操作全自動高壓滅菌器時，需要先取出滅菌器，將腔體雜物清理干凈，使用前一定要仔細參考說明書，若有專人管理，建議用戶打印一份操作流程。
將儀器放置于平穩安全處，把手動排水閥擰至關閉處，向滅菌器內加入蒸餾水，加水時要緩慢些，以免加入過多的水從而影響儀器正常工作，直至高水位燈亮時，再多加入1-2升即可。
全自動高壓滅菌器對于不同滅菌物品的滅菌操作要求不同，具體步驟如下：
1.將滅菌物品放入腔體擺放整齊，需注意的是，物品擺放的高度要低于腔體，以免堵塞頂部排氣閥門，造成危險。不同的滅菌物滅菌的方法和時間都有區別，特別要注意的是敷料的滅菌，敷料是裝在不銹鋼器皿中的，多數用戶都忘記打開敷料盒的通氣小孔，以致于每次滅菌達不到試紙條的顏色，造成滅菌失敗。一些器具的滅菌是用布帶扎好滅菌，滅菌完畢后，不要拆開包裝的布帶，否則會再次污染。
2.對液體和培養基滅菌時，注意當滅菌完畢后，一定要自然排氣冷卻，萬不可快速放氣，急劇冷卻，以免造成玻璃容器因溫度驟變而引起爆裂，從而威脅實驗人員的安全和造成儀器污染。
3.旋緊門蓋，將高壓滅菌器下方的手動排氣閥擰至排氣的適當位置，以方便腔體氣體均勻溫度，此時連鎖開關閉合，連鎖燈亮起，儀器開始工作。
4.工作時溫度開始升高，我司提供的高壓滅菌器在出廠時，均有欠壓蜂鳴的功能，高壓滅菌器會一直響，直至壓力燈亮，蜂鳴聲停止。
操作完儀器后，需要定期保養儀器，以延長使用壽命。
(1)每次使用高壓滅菌器前必須檢查滅菌桶內水量是否保持在擱腳處。
(2)堆放滅菌物品時，嚴禁堵塞放汽閥的出氣孔，必須留出空位保證設備暢通放氣，否則安全閥因出氣孔堵塞不能工作，造成事故。
(3)對不同類型，不同滅菌要求的物品，如敷料和液體等，切勿放在一起滅菌，以免顧此失彼，造成損失。
(4)滅菌結束時，壓力表指針必須恢復零位，將放汽閥搭子置于放汽方位。使外界空氣進入高壓滅菌器內，真空消除后，容器蓋即可開啟。
(5)高壓滅菌器的壓力表使用日久后，壓力指示不正或不能恢復零位，應及時予以檢修，平時應定期與標準壓力表相對照，若不正常，應更換新表。
(6)平時應將高壓滅菌器保持清潔和干燥，方可延長使用年限，橡膠密封墊圈使用日久會老化，應定期更換。
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