凍干機干燥過程對水分的控制是保證凍干制劑質量的關鍵，說到水分控制我們必須先引入玻璃態轉化溫度（Tg）的概念，有些液體非晶態物料在被冷卻固化過程中不經過相變，而是連續地固化成玻璃體，這個過程稱為玻璃化轉變，所對應的溫度稱為Tg。當物料到達這一溫度時，很小的溫度就可能引起冷凍濃縮液黏度的顯著增加，同時冰的結晶停止。無論是第1、第2干燥階段還是貯存中的制劑溫度都必須控制在Tg以下，否則冷凍濃縮液將會發生流動，破壞了冷凍建立起來的微細結構，就會發生塌陷。對于凍干制劑藥品水分含量的控制，水分含量越低，其Tg越高，藥品越能長期穩定地儲存，通常凍干制劑的水分含量要求控制在1％～3％之間，以保持穩定。用動力學方程計算可以選擇凍干終產品更合適的水分含量，既能滿足藥品在保存期穩定的要求．又避免在生產中因過度干燥而引起能源浪費。另外，有研究表明瓶子的膠塞氯丁基橡膠塞要比溴丁基橡膠塞對水分的透過率高，故除了要選擇適宜的濕度環境保存，也要選擇合適的包裝材料。
凍干制劑在一次干燥后往往都要進行二次干燥，二次干燥又叫解析干燥，主要干燥一次干燥殘留的一些未被凍結的吸附水和結合水，這些靠升華無法去除的水分要靠蒸發來去除，這部分水分一定量時會為微生物生長和某些化學反應的進行提供了條件，所以必須得到去除。終凍干制劑含水量偏高主要原因 1）解析干燥時間太短，干燥溫度太低；2）干燥層和瓶塞的流動阻力太大，半壓塞太深，水蒸氣不易析出。3）裝量太厚，一般是10-15mm，不宜超過15mm。4）產品貯存期間，水蒸氣通過瓶塞等包裝不密封處進入。
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