液相色譜柱在使用過程中zui容易碰到的問題就是柱壓升高。如果柱壓是在長時間使用過程中緩慢地增加,通常這屬于正常現象。但柱壓在使用過程中突然升高（系統管路堵塞除外）,可能的原因有如下幾點：
色譜柱頭內的填料被污染
色譜柱內緩沖液中的鹽遇到高濃度的甲醇或其他有機溶劑, 形成結晶析出
流動相PH值過大或過小使固定相結構破壞或溶解,解決方法如下:
當斷定是色譜柱頭中過濾篩板污染時,可將柱頭螺絲卸下, 取出過濾篩板, 并將其放置在30%左右的稀硝酸內,用超聲波超聲清洗約10分鐘后,再用超純水超聲約10分鐘, 重新裝人色譜柱內
當斷定是色譜柱頭內的填料被污染時,可將柱頭螺絲卸下用小匙挖出柱內前段被污染的填料, 用相同的柱填料重新填人,仔細修復后重新安裝上柱頭螺絲,或以能溶解污染物的流動相,按色譜柱使用的相反方向,沖洗色譜柱（流動相的沖洗量為20至30倍色譜柱體積或視具體情況而定）。另外,此時不要連接檢測器, 將污染物沖出色譜柱, 再按色譜柱標明的箭頭方向使用色譜柱上箭頭方向說明色譜評價是按此方向價。 因此使用時按此方向價。
當斷定是鹽結晶時,用水沖洗色譜柱,使柱內鹽全部溶解并被沖洗出色譜柱, 再換用含高濃度甲醇或其他有機溶劑的流動相
如果是因使用的流動相PH值控制不當,通常很難將色譜柱恢復。 有一點必須注意一旦色譜柱頭被打開,即便是經過很仔細地修復都很難恢復到原有新柱水平。
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